Под влиянием «немцев» в московский быт стали проникать некоторые новшества. Самым пагубным из них поборники православия считали обычай брить бороду. К великому возмущению монахов Борис не только не осуждал, но и поощрял брадобритие.

Годунов проявил исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества. В Кремле был сооружен водопровод с мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Борис велел выстроить каменный мост «з зубцы» через Неглинную против Тверской улицы. Сооружение использовали для устройства плотины и мельницы, расположенной под мостом. По аналогичному проекту был построен мост-плотина через Волхов в Новгороде.

Архитекторы Бориса приступили к сооружению нового царского дворца в Кремле. Строители успели заложить фундамент — «взруб каменной за Сретением, от Москвы-реки, а на том было взрубе ставити хоромы». Подле Архангельского собора были выстроены обширные палаты для военных приказных ведомств. За Неглинной мастера поставили новый земский двор, служивший управой благочиния. Посреди Красной площади сделали «лобное место каменное, резана, двери-решетки железные». После большого пожара в Китай-городе Годунов выделил из казны средства для постройки там каменных торговых рядов.

Строительство превратилось в подлинную страсть Бориса Годунова. По его приказу надстроили столп колокольни Ивана Великого и «подписали» на нем имя Бориса. Искусные мастера отлили для колокольни огромный колокол — «таков колокол весом не бывал». Из-за неслыханной тяжести его так и не смогли поднять наверх и сложили для него особую деревянную «колокольницу». Царские архитекторы приступили к возведению грандиозного каменного собора «святая святых» на площади за Иваном Великим. Рабочие успели забить сваи и завезти на строительную площадку камень и известь. Смерть Бориса помешала довести дело до конца.

К числу шедевров русской архитектуры принадлежат каменные церкви, воздвигнутые в годуновских вотчинах в селах Хорошево и Вяземы под Москвой.

В строительной деятельности Годунова примечательны два момента. Во-первых, его постройки оставили заметный след в развитии русской архитектуры. Во-вторых, Годунов нередко подчинял свои проекты благотворительным целям. В годы голода он продолжал строительство в столице, чтобы обеспечить заработок для неимущей бедноты.

Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. Благодаря его поддержке в полной мере раскрылся талант Федора Коня. Под руководством этого замечательного мастера строители опоясали Белый город в Москве мощными каменными стенами с двадцатью семью башнями. Федор Конь руководил возведением грандиозных крепостных сооружений в Смоленске. Борис сам участвовал в закладке смоленской крепости. По его приказу крепость строили «все города Московского государства». Строительство велось с неслыханным размахом. Спеша с завершением работ, власти в 1600 году временно запретили по всему государству все каменные постройки, не связанные с нуждами казны, с тем чтобы собрать каменщиков и мастеров в Смоленске. Тем, кто нарушал государеву «заповедь», грозила смертная казнь. Каменный город в Смоленске стал твердыней русской обороны на западных подступах к Москве.

Современники с похвалой отзывались о приверженности Бориса делу просвещения, о его обширном строительстве и многом попечении «о державе своей». Люди, знавшие Годунова, считали его редким оратором и восхищались его речами. Как писал англичанин Джером Горсей, Борис был одарен хорошими способностями, неучен, но быстрого ума; от природы красноречив и имеет звучный голос.