В Польше коронный гетман Я. Замойский, выступая перед сеймом в начале 1605 года, резко высмеял россказни самозванца и заявил, что если уж поляки хлопочут о возведении на московский трон старой династии, то им надо иметь в виду, что законным наследником Московского княжества «был род Владимирских князей, по прекращении которого права наследства переходят на род князей Шуйских». О речи гетмана говорили по всей Польше, и самозванец не мог не знать о ней.

Василий Шуйский был единственным из начальных бояр, отказавшимся подчиниться приказу Лжедмитрия и не явившимся в Серпухов. Это усилило подозрения самозванца, который имел все основания беспокоиться, что князь Василий предъявит претензии на трон при первом же подходящем случае.

Отрепьев мог расправиться с Шуйским тем же способом, что и с царем Федором Годуновым. Но с некоторых пор он был связан договором с Боярской думой. Следуя традиции, Лжедмитрий объявил о созыве собора для суда над великим боярином. Находившийся в те дни в Кремле поляк Лавицкий писал, что Шуйских судили на большом (многочисленном) соборе, состоявшем из сенаторов, духовенства и других сословий. Капитан Маржарет, перешедший на службу к Лжедмитрию, утверждал, будто Шуйские подверглись суду «в присутствии лиц, избранных от всех сословий». Следуя рассказам поляков из окружения самозванца, Паэрле записал, что в суде участвовали как сенат (дума), так и народ. Свидетельства иностранцев полностью совпадают с данными русских источников. Как подчеркнул автор «Нового летописца», Лжедмитрий «повеле собрати собор» с приглашением духовных «властей», бояр и лиц «ис простых людей».

Самозванец пришел к власти на волне народных восстаний. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в первые дни своего пребывания в Москве он продолжал видеть в восставшем народе союзника. Представители столичного населения были приглашены на соборный суд, чтобы нейтрализовать возможные выступления сторонников Шуйских. В высшем государственном органе — Боярской думе — Шуйские имели много сторонников, и самозванец опасался их происков.

С обвинениями против Шуйских на соборе выступил сам Лжедмитрий. Род князей Шуйских, утверждал самозванец, всегда был изменническим по отношению к московской династии, блаженной памяти «отец» Иван семь раз приказывал казнить своих изменников Шуйских, а «брат» Федор за то же казнил дядю Василия Шуйского. Фактически Лжедмитрий отказался от версии о наличии разветвленного заговора. Трое братьев Шуйских, заключил он, намеревались осуществить переворот своими силами: «…подстерегали, как бы нас заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы». Царь утверждал, что имеет неоспоримые доказательства заговора Шуйских, а потому никакого разбирательства с допросом свидетелей и других формальностей на соборном суде не было.

Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника. В таких условиях даже близкие к Шуйским члены думы и священного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б. Я. Бельского, П. Ф. Басманова, М. Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской думы. Как с горечью отметил летописец, «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р.С.) пособствующе, все на них кричаху».

Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу, которая едва не стоила ему головы при Годунове. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех приписываемых ему преступлениях. «Виноват я тебе… царь-государь: все это (о расстриге и пр.