Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев приговорил к пожизненному тюремному заключению. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил ее на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение. Несколько тысяч стрельцов оцепили площадь. Преданные самозванцу казаки и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и ключевые пункты города. Были приняты меры против возможных волнений.

Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Стоя подле плахи, князь Василий с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже их сторонники боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты П. Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей царя, остановивший казнь, а следом за ним дьяк, огласивший указ о помиловании.

Сподвижник Лжедмитрия С. Борша точнее всех других объяснил причины помилования Василия Шуйского. «Царь даровал ему жизнь, — писал он, — по ходатайству некоторых сенаторов». Бояре не посмели открыто перечить царю на соборе. Но после собора они сделали все, чтобы не допустить казни князя Василия. Отмена казни Шуйского явилась первым успехом думы.

При царе Борисе наибольшим влиянием в думе пользовались Годуновы и Шуйские. Обе эти группировки были разгромлены и удалены из столицы. Думу пополнили «воровские» бояре, получившие чин в Путивле, а также опальные бояре и дворяне. Обновив состав Боярской думы, Лжедмитрий добился послушания бояр и стал готовиться к коронации.

Самозванец пожелал дождаться возвращения в Москву иноки Марфы, в миру — Марии Нагой. Его расчет казался безошибочным. Признание со стороны мнимой матери должно было покончить с колебаниями тех, кто все еще сомневался в его царском происхождении.

Сохранилось предание о том, что из Москвы Лжедмитрий «наперед» послал на Белоозеро в монастырь к Нагой «постельничего своего Семена Шапкина, штоб его назвала сыном своим царевичем Дмитрием… да и грозить ей велел: не скажет и быть ей убитой». Сомнительно, чтобы Шапкину пришлось пустить в ход угрозы. Обещания неслыханных милостей должны были подействовать на вдову сильнее любых угроз.

В середине июля Марфу Нагую привезли в село Тайнинское. Отрепьев отправил к ней племянника опальных Шуйских князя Михаила Скопина, чтобы отвести подозрения насчет сговора. 17 июля Лжедмитрий выехал в Тайнинское под охраной отряда польских наемников. Его сопровождали бояре. Местом встречи стало поле у села Тайнинского. Устроители комедии позаботились о том, чтобы заблаговременно собрать многочисленную толпу народа. Обливаясь слезами, вдова Грозного и беглый монах обняли друг друга.

Простой народ, наблюдавший сцену издали, был тронут зрелищем и выражал свое сочувствие криками и рыданиями. После пятнадцатиминутной беседы Нагая села в экипаж и не спеша двинулась в путь. Карету окружала огромная свита. Сам «царь» шел некоторое время подле повозки пешком с непокрытой головой. Дело было в сумерках, и всей компании пришлось остановиться на ночлег в предместьях столицы.