Однажды (в мае 1804 года) Шеллинг, вернувшись вечером из загородной поездки, нашел дома записку: к нему заходил А. В. Шлегель, в Вюрцбурге он проездом из Швейцарии, сопровождает мадам де Сталь. Было уже поздно, часов одиннадцать, Шеллинг бросился в гостиницу, где остановился Шлегель, привел его домой. Каролина еще не спала. Сидели все вместе до начала второго.

Есть у философа друзья и верные последователи, главным образом из числа естественников и медиков. К старым, Стеффенсу, с которым он перешел на «ты», и Маркусу, прибавились Виндишман, Шуберт, позднее Окен. Но возникает и альянс противников, главным образом из числа богословов.

Первые нападки Шеллингу пришлось встретить со стороны католической ортодоксии. Вюрцбургский епископ недоволен правительственными новациями. Факультеты преобразованы в секции, теологический факультет называется теперь «Секция преподавания знаний, необходимых для народных учителей религии», протестантские богословы здесь на равных правах с католиками. Протестант Шеллинг и протестант Паулюс кажутся епископу олицетворением либерального зла: он запрещает католикам посещать их лекции. «Вы можете приблизительно представить нынешнюю ситуацию, — жалуется Шеллинг в феврале 1804 года, — партия духовенства ненавидит меня, и молодым клирикам, которые ходят на мои и проф. Паулюса лекции, угрожают отлучением от церкви. Само по себе это неважно, но не мне, который всеми силами души стремится здесь к миру и согласию».

Мира и согласия ему не видать. Паулюс, который, казалось бы, должен быть союзником, — один из главных врагов. В глазах либерального Паулюса, пытающегося в духе Просвещения рассудочно истолковать церковную догматику, Шеллинг — ретроград и мистик. Такие же обвинения исходят и от католического «просветителя» Берга. Это он автор подлой брошюры «Хвала наиновейшей философии», которая дала пищу для клеветнических выпадов «Иенской литературной газеты». Теперь он пишет новый памфлет «Секст, или Абсолютное познание Шеллинга». Это диалог между Секстом (Бергом) и Плотином (Шеллингом). Последний изрекает банальности и глупости, Секст без труда одерживает победу. За Шеллинга вступились его студенты и вывесили нечто вроде стенной газеты, высмеивающей пасквилянта. Берг завопил, что это сделано на наущению Шеллинга.

Антишеллингианские пасквили — брошюры, рецензии, статьи — следуют один за другим. Особенно стараются преподаватели мюнхенского лицея Вайлер и Залат. И мюнхенская «Верхненемецкая литературная газета». Чего здесь только не пишут! Его обвиняют в аморализме, материализме, атеизме и одновременно в гиперрелигиозности, мистицизме, розенкрейцерстве, кабалистике. И преднамеренной галиматье. Его называют «лицемерным верховным жрецом разума», играющим «роль далай-ламы, экскременты которого целуют верные его ученики».

На беду Шеллинга, его противники находят поддержку в правящих кругах. Он наталкивается на трудности в преподавании, а по средним школам разослана инструкция, запрещающая знакомить учащихся с его философией. Говорят, что он «персона нон грата» в Баварии. 26 сентября 1804 года Шеллинг обращается к властям, графу Тюрхайму: «Я заявляю Вашему превосходительству, что отныне состояние мира, которое я старался сохранить, нарушено, и я использую все дарованные мне богом силы, чтобы отстоять правоту моего дела и разрушить планы тех, кто на него посягает. Я не утрачу уважения к своему правительству, однако всякое заявление, затрагивающее научные интересы, даже если оно исходит от ряда лиц, по своему содержанию подлежит оценке, принятой специалистами, причем вопрос решается духовным превосходством, а не внешним принуждением… Я требую гарантии тех прав, которые уже нарушены в отношении меня, и так как я должен рассчитывать на такую гарантию, то я прошу рассматривать Ваше превосходительство это письмо как официальный документ».