Делу дали официальный ход. Доложили курфюрсту. В ответ Шеллинг получил правительственный выговор. Выражалось высочайшее «неудовольствие по поводу проявленной им дерзости, которая убедительно показывает, как мало умозрительная философия делает людей разумными и нравственными». Профессору Шеллингу предлагалось «обратить внимание на монарший эдикт о свободе печати, который ценит скромное прямодушие и разъяснение полезных истин, но вводит в границы законного порядка невоспитанность и невоздержанность распущенных писателей».

Фихте при подобных обстоятельствах в Иене подал в отставку. Шеллинг решил проглотить обиду, смириться с унижением, чтобы в следующий раз действовать осмотрительнее. Пока враги торжествуют. И не унимаются.

Мерзавцы опять бьют его по самому больному месту, опять вспомнили о смерти Августы Бэмер. Шеллинг намерен вместе с Маркусом издавать медицинский журнал, и вот в печати появляется издевательская заметка, автор которой уверяет, будто в первом номере нового журнала будет напечатана история болезни фрейлейн Бэмер для оправдания «натурфилософского метода лечения», в результате которого она скончалась. В этом и других пасквилях Шеллинг узнает руку своих недругов — Паулюса, Берга, Залата, Вайлера.

В конце марта 1805 года он огрызнулся по их адресу. В отделе объявлений «Иенской всеобщей литературной газеты» (которую теперь, после отъезда из Иены Шюца, издают новые люди) появилось его обращение «К публике». Здесь Шеллинг излил душу: «С тех пор как я начал работать в этой стране, поднялась против того, что называют моим учением, фанатическая, беспримерная для нашего времени травля без каких-либо оснований, только с помощью лжи и клеветнических личных выпадов.

С помощью грубой и грязной фантазии, иезуитской изощренности искусственно создается схема учения, и эту пачкотню выдают зa подлинную картину. Ее подлинное имя — фальсификация. Сегодня уверяют, что мое учение ведет к католицизму, завтра — к атеизму, то его называют мистической экзальтацией, то — материализмом, новой „Системой природы“, — все это свидетельствует о сознательной лжи или беспросветной тупости. Все состряпано в Мюнхене». Не называя имен, Шеллинг указывал на своих мюнхенских гонителей — Вайлера и Залата.

Задача состояла в том, чтобы дать отповедь клеветникам, не вступая в новый конфликт с правительством. Поэтому Шеллинг теперь ничего не требует от властей, он расточает властям комплименты: «Зародыш нового творчества, брошенный в землю Южной Германии достойным хвалы правительством Баварии, расцветет и даст плоды, несмотря на все ваше противодействие. Оно и к моему открытому заявлению, продиктованному чистыми намерениями и искренним преклонением перед великим духом таких начинаний, отнесется доброжелательно и не взглянет как на полемический зуд на то, что человек, так долго молчавший, принимает необходимые меры для спасения своей чести».

Тон был выбран правильно, и на этот раз свыше не последовало никаких репрессивных мер. Осмелев, Шеллинг пишет подряд два письма в «Верхненемецкую литературную газету», уже называя фамилии, в одной — Залата, в другом — Вайлера. Газета не печатает письма, Шеллинг публикует их в другом месте. И считает себя отомщенным.

Так текут дни. Высокая поэзия философии чередуется со скандальной прозой жизни. Сплетни, интриги, преследования в печати. И несмотря на это, труд, поиски, новые планы.

Шеллинг намерен выпускать «Ежегодники научной медицины». Издание задумано широко, как посвященное не столько врачеванию, сколько исследованию органической жизни. В июле 1804 года он набросал проспект журнала, но до конца года не вышло ни одного номера. Зимой он снова рассылает проспект и приглашает сотрудничать видных ученых. Пишет он и Александру Гумбольдту, который только что вернулся из пятилетнего путешествия по Америке и обосновался в Париже.