К середине октября Главное командование Красной Армии проделало большую работу по укреплению войск Южного и Западного фронтов. Это позволило им остановить продвижение противника, а затем перейти в контрнаступление. Войска Южного фронта нанесли поражение Вооруженным Силам Юга России и к концу декабря вышли на подступы к Северному Кавказу. Основные силы Западного фронта (7-я и 15-я армии) к этому же времени разгромили Северо-Западную армию генерала H.H. Юденича. В ходе наступления Л.Д. Троцкий, находившийся в Петрограде, жестко пресекал все попытки нарушить воинскую дисциплину. Так, в приказе № 162 от 2 ноября по 7-й армии он писал: «Приказываю командирам и комиссарам неукоснительно следить, чтобы ни один из этих случаев измены не прошел безнаказанно. Семьи изменников должны быть немедленно арестованы. Самих предателей занести в Черную книгу армии, дабы после близкого и окончательного торжества революции ни один из предателей не ушел от кары. В боевой обстановке командиры, комиссары и передовые красноармейцы должны зорко блюсти за тем, чтобы не давать предателям совершать свою работу: нужно истреблять на месте всякого, кто пытается вызвать панику, призывает бросить оружие и перейти в стан белых». На следующий день в приказе № 165 Троцкий потребовал: «…5. Против трусов и шкурников — суровые меры. Отступающих без приказа после предупреждения истреблять на месте. Заградительным отрядам передавать дезертиров немедленно трибуналу. Трибуналам действовать на месте так, чтобы наказание следовало немедленно за преступлением». 6 ноября в телеграмме № 982 Реввоенсовету Республики Троцкий снова возвращается к своей идее о введении для дезертиров отличительных знаков. «Предлагаю, как меру наказания, ввести для армии и флота черные воротники, для дезертиров, возвращенных в части, для солдат, отказавшихся от выполнения приказа, чинивших разгром и прочее, — пишет Лев Давидович. — Солдаты и матросы с черными воротниками, пойманные на втором преступлении, подвергаются удвоенной каре. Черные воротники снимаются только в случае безупречного поведения или воинской доблести».

По решению Реввоенсовета Республики от 17 ноября при реввоенсоветах фронтов и армий и при штабах дивизий создавались полевые комиссии по борьбе с дезертирством, в состав которых входили комиссар штаба, представители соответствующего политотдела и особого отдела. На эти комиссии возлагалась «вся борьба с дезертирством во фронтовой и прилегающей к фронту полосе с уведомлением о том Центрокомдезертир».

Несмотря на имевшие место факты дезертирства и неподчинения боевым приказам, боеспособность войск Красной Армии к концу 1919 г. была в целом высокой. Этому способствовали меры по улучшению снабжения частей всеми видами довольствия, боеприпасами и оружием, активизации партийно-политической работы, укреплению командного состава и др. В результате Красная Армия в январе 1920 г. разгромила армию адмирала A.B. Колчака, а к концу марта завершила разгром Вооруженных Сил Юга России. В ходе боевых действий применялись заградительные отряды, сформированные не только из частей регулярной армии, но и из войск вспомогательного назначения, — в первую очередь Войск охраны Республики (ВОХР). В соответствии с приказом № 7/с начальника войск ВОХР от 12 января 1920 г. они вели борьбу со всеми дезертирами, проезжавшими по железным дорогам и находящимися в районе расположения заградительных отрядов. Заградительные отряды, созданные в действующей армии, по-прежнему использовались в ближайшем тылу. Так, командир заградительного отряда 50-й Таманской стрелковой дивизии С.П. Стерликов вспоминал: «Назначение этого отряда состояло в очищении тыла Красной Армии от дезертиров, накоплявшихся в удобных для них местах в большом количестве, и, будучи вооружены, превращались в банды, грабившие население, нападавшие на местные органы власти, а иногда даже на тыловые органы Красной Армии.