Руководители второго ополчения избрали временное правительство, которое, как и в первом ополчении, назвали Советом всей земли. Руководителем его стал Д. М. Пожарский, получивший титул «По избранию всея земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Дмитрий Михайлович Пожарский». Его помощником стал Кузьма Минин, занимавшийся материальным обеспечением воинских людей. Для упорядочения всех дел было сформировано несколько приказов: Разрядный, Поместный, Посольский и другие, которые возглавили бежавшие из Москвы опытные дьяки: С. Самсонов, А. Варев, М. Данилов, А. Иванов и другие.

Временное правительство второго ополчения оказалось весьма представительным. В нем не было ни атаманов, ни казаков, которые скомпрометировали себя в глазах простых людей. К Пожарскому и его соратникам мирные жители испытывали значительно больше доверия, чем к Трубецкому и Заруцкому.

Поскольку в Ярославле не удалось собрать Земский собор, Дмитрий Михайлович решил вступить в переговоры с новгородцами, которые в это время отпали от Московского государства и считали себя подданными шведского королевича Карла Филиппа. Он знал о том, что шведы крайне враждебно относятся к полякам, и надеялся заручиться их поддержкой.

Однако быстро менявшаяся обстановка не позволила довести переговоры до конца. Сначала в Ярославле был раскрыт организованный Заруцким заговор по убийству Пожарского. Из под Москвы от Трубецкого прибыли посланцы с известием о приближении к столице многочисленного польского войска под руководством гетмана Хоткевича. Руководитель первого ополчения просил о помощи.

К этому времени под знамена второго ополчения встало уже больше 10 000 человек. Среди них были и видные князья и бояре, и опытные дворяне, и стрельцы, и казанские князья и мурзы, и бывшие служители царского двора, и даже видные купцы и горожане, владевшие различными профессиями. В июне ко второму ополчению примкнули даже несколько казачьих отрядов из ополчения первого, надеявшиеся на щедрое материальное обеспечение. В подмосковном лагере им приходилось либо заниматься грабежами, либо вести полуголодное существование.

Узнав о скором прибытии войска под началом Д. М. Пожарского, И. М. Заруцкий решил уйти из Белого города. Вместе с Мариной Мнишек и ее сыном он отправился на Рязанщину, где после гибели Прокопия и Захария Ляпуновых не осталось опытных воевод защитников. Правда, Переяславль Рязанский ему взять так и не удалось и пришлось обосноваться сначала в Коломне, а потом в Михайлове.

По просьбе Трубецкого Пожарский выслал передовые полки под Москву, сам же сначала отправился помолиться у гробов предков в Спасо Евфимиевом монастыре в Суздале, а потом поехал в Троице Сергиев монастырь для получения благословения у архимандрита Дионисия.

К этому времени в монастырь прибыла остальная рать во главе с помощниками Пожарского князем И. А. Хованским и К. Мининым. По дороге к ним присоединились дружины из Переславля Залесского, Ростова и других городов. Воины хотели преклонить колени у раки преподобного Сергия Радонежского, но из Москвы прискакали казаки с известием о том, что гетман Хоткевич уже близко, поэтому следует торопиться. Пожарский одарил посланцев деньгами и сукнами и отправил к столице отряд под командованием князя В. И. Туренина. Он должен был расположиться у Чертольских ворот, чтобы не позволить гетману внезапно прорваться к Кремлю.

Остальное войско собралось около холма, находящегося у Московской дороги. Туда же прибыли архимандрит Дионисий с братией. Они принесли икону Андрея Рублева «Троица», образа преподобных Сергия и Никона, кресты и святую воду. После этого к Дионисию стали по очереди подходить воины. Архимандрит благословлял каждого крестом и окроплял святой водой.