Шуйский использовал начавшийся розыск, чтобы упрочить свои позиции в Боярской думе. Со времени смерти царя Федора Ивановича главными претендентами на трон неизменно выступали Мстиславский и Романовы. Царь пытался скомпрометировать эти фамилии. Было объявлено, что зачинщики мятежа замыслили передать корону Мстиславскому.

В конце концов Шуйский не стал наказывать главу Боярской думы Мстиславского, известного всем своей бесхарактерностью и отсутствием честолюбия. Кары обрушились на его родню, что должно было послужить грозным предостережением для главного боярина. К числу родственников Мстиславского принадлежали М. Ф. Нагой и П. Н. Шереметев. Первый был лишен высшего думного титула, конюшего, а второй предан суду. В конце мая Шереметев ездил с Филаретом в Углич за мощами Дмитрия. Судьи не стали ждать его возвращения и провели дознание заочно. В результате боярин «был обвинен и изобличен свидетелями», задержан в Угличе, а позже отправлен на воеводство в Псков.{65}

Тем временем в Москве власти расправились с пятью зачинщиками неудавшегося мятежа. Всех их подвергли торговой казни (били кнутом) посреди рыночной площади. При оглашении приговора бирючи объявили, что Мстиславский, обвиненный ранее как глава заговора, невиновен, вся же вина падает на Шереметева и пятерых его приспешников.

По случаю тревоги в столице власти вспомнили о царе и великом князе Симеоне Бекбулатовиче, в 1575–1576 гг. занимавшем московский великокняжеский трон и претендовавшем на корону после смерти царя Федора Ивановича. Постриженный в монахи и заточенный в Кирилло Белозерский монастырь, ослепший от старости Симеон – «старец Стефан» тем не менее вызывал тревогу у нового властителя Кремля. Симеон был женат на сестре Мстиславского, и это вызывало особые подозрения в момент расследования измены последнего. 29 мая 1606 г. пристав Ф. Супонев получил приказ спешно забрать из монастыря «старца Стефана» и отвезти его в Соловки.{66}

Следствие о волнениях в Москве дало Шуйскому повод отменить решение об избрании на патриаршество Филарета Романова. По словам современников, Филарета обвинили в том, что он якобы был причастен к составлению подметных писем о спасении «Дмитрия», «за что его (патриарха) и сложили».{67} После смерти Лжедмитрия в народе немало толковали, что во главе государства должен стать один из Романовых. Об этом упоминает немецкое донесение из Нарвы от 27 мая 1606 г.{68} Шуйский не мог не знать о притязаниях Романовых. Но санкции против Филарета он осуществил после своей коронации. Романов был одним из самых популярных деятелей своего времени. В его лице Шуйский приобрел опасного врага.

Заточив в монастырь князя И. А. Хворостинина, бывшего кравчим у самозванца, царь пожаловал этим придворным чином князя И. Б. Черкасского, племянника Филарета. Следствие об измене привело к внезапной отставке Черкасского.{69}

После переворота во дворце был найден тайник, в котором Лжедмитрий хранил секретные договоры с Сигизмундом III и с Мнишеком, переписку с папой римским и иезуитами. Бояре тотчас объявили об этой находке народу, хотя они и не сразу разобрались в содержании документов, требовавших перевода. Тайник был указан Яном Бучинрким, попавшим в руки мятежников при штурме дворца. В страхе за свою жизнь главный секретарь готов был подтвердить клевету, которую бояре давно распускали по городу. «Дмитрий», заявил он, велел выволочь весь московский наряд (пушки) за посад, чтобы во время стрельб поляки могли перебить всех бояр и лучших дворян. В грамоте к уездным городам список жертв был расширен: к боярам прибавлены приказные люди, гости и лучшие посадские люди.

Провинция могла поверить чему угодно, но в столице такая откровенная ложь не могла пройти. Истребив бояр, самозванец, по словам Бучинского, намеревался разорить веру и ввести «люторство и латинство» (католичество) разом.