У Краутгейма союзное войско настигло крестьян, которые, вследствие флангового движения Трухзесса, должны были отступить к Кёнигсхофену на Таубере. Здесь они, в количестве 8000 человек с 32 пушками, и заняли позицию. Трухзесс приблизился к ним под прикрытием холмов и леса и, двинув вперед обходные колонны, обрушился на них 2 июня с таким численным перевесом и такой энергией, что крестьяне, несмотря на упорнейшее, длившееся до наступления ночи сопротивление многих групп, были совершенно разбиты и рассеяны. Как и всегда, главную роль в разгроме войска повстанцев сыграла союзная конница, прозванная «крестьянской смертью»; бросившись на расстроенных уже артиллерийской канонадой, ружейным огнем и атаками копейщиков крестьян, она совершенно рассеяла их и затем уничтожила поодиночке. О том, какого рода войну вели Трухзесс и его конница, лучше всего свидетельствует судьба 300 кёнигсхофенских горожан, находившихся в крестьянском войске. Во время битвы все они, за исключением пятнадцати человек, были изрублены, а из уцелевших пятнадцати четверо было потом обезглавлено.

Покончив таким образом с оденвальдцами, неккартальцами и нижнефранконцами, Трухзесс посредством разбойничьих набегов, сожжения целых деревень, бесчисленных казней усмирил всю окрестную местность и затем двинулся на Вюрцбург. В пути он узнал, что второй франконский отряд, под начальством Флориана Гейера и Грегора фон Бург-Бернхейма, стоит у Зульцдорфа, и немедленно двинулся против этого отряда.

Со времени неудачного штурма Фрауэнберга Флориан Гейер был занят главным образом переговорами с князьями и городами относительно вступления их в крестьянское братство, в частности переговорами с городом Ротенбургом и с маркграфом Казимиром, правителем Ансбаха. Известие о поражении при Кёнигсхофене заставило его немедленно вернуться. С его отрядом соединился возглавляемый Грегором фон Бург-Бернхеймом ансбахский отряд, который образовался совсем недавно. Маркграфу Казимиру, действовавшему в чисто гогенцоллернском стиле, удавалось частично путем обещаний, частично путем угрозы применения военной силы сдерживать крестьянское восстание в своих владениях. Он соблюдал строгий нейтралитет по отношению ко всем чужим отрядам, пока в их рядах не было ни одного ансбахского подданного, и стремился обратить ненависть крестьян главным образом против церковных учреждений, рассчитывая в конечном счете обогатиться путем конфискации их имущества. При этом он не переставал вооружаться и выжидал удобного случая. Едва только пришло известие о сражении при Бёблингене, как он немедленно же начал военные действия против своих мятежных крестьян, разграбил и сжег их деревни и многих из них приказал повесить и перебить. Однако крестьяне быстро собрали силы и под предводительством Грегора фон Бург-Бернхейма разбили маркграфа 29 мая при Виндсгейме. Они еще преследовали его, когда до них дошел призыв о помощи попавших в беду оденвальдцев, и они немедленно двинулись к Хейдингсфельду, а отсюда вместе с Флорианом Гейером снова к Вюрцбургу (2 июня). Не имея никаких вестей от оденвальдцев, они оставили здесь 5000 крестьян и с 4000 человек — остальные разбежались — двинулись по следам других отрядов. Уверенные в своей безопасности вследствие ложных сведений об исходе битвы при Кёнигсхофене, они были застигнуты врасплох Трухзессом при Зульцдорфе и разбиты им наголову.