Мюнцер расположился со своим отрядом на горе, которая еще и теперь носит название Шляхтберг {Гора битвы. Ред.}, окружив себя вагенбургом. В отряде уже заметно давал себя чувствовать упадок духа. Князья обещали амнистию, если отряд выдаст Мюнцера живым. Мюнцер, созвав круг, приказал обсудить предложение князей. Один рыцарь и один священник высказались за капитуляцию. Мюнцер немедленно приказал их ввести внутрь круга и обезглавить. Этот энергичный террористический акт, с восторгом встреченный решительными революционерами, снова придал некоторую стойкость отряду; но, в конце концов, большая часть его, несомненно, разошлась бы без всякого сопротивления, если бы не обнаружилось, что княжеские ландскнехты, окружив всю гору, стали приближаться сомкнутыми колоннами, несмотря на перемирие. Отряд быстро построился в боевом порядке за повозками, но уже ядра и ружейные пули стали бить в наполовину безоружных, не привыкших к военным действиям крестьян, и ландскнехты оказались у самого вагенбурга. После непродолжительного сопротивления линия повозок была прорвана, пушки крестьян захвачены, а сами они рассеяны. Они бежали в диком беспорядке, тем вернее попадая в руки пущенных в обход колонн и конницы, которые устроили им неслыханную кровавую баню. Из восьми тысяч крестьян было убито свыше пяти тысяч; остальные бежали во Франкенхаузен и одновременно с ними туда ворвалась княжеская конница. Город был взят. Мюнцер, раненный в голову, был обнаружен в одном доме и захвачен в плен. 25 мая сдался также и Мюльхаузен; остававшийся там Пфейфер бежал, но был схвачен на территории Эйзенаха.

Мюнцер был в присутствии князей подвергнут пыткам и затем обезглавлен. На казнь он шел с тем же мужеством, с каким жил. К моменту казни ему было, самое большее, двадцать восемь лет. Обезглавлен был также и Пфейфер, а кроме того множество других. В Фульде начал свою кровавую расправу «христолюбивый» Филипп Гессенский. По приказу его и саксонских князей помимо других казненных в Эйзенахе было казнено мечом — 24, в Лангензальце — 41, после Франкенхаузенской битвы — 300, в Мюльхаузене — свыше 100, у Гёрмара — 26, у Тюнгеды — 50, у Зангерхаузена — 12, в Лейпциге — 8 мятежников, не говоря уже о всякого рода членовредительстве и других менее суровых наказаниях и о разграблении и сожжении ряда деревень и городов.

Мюльхаузен потерял вольности имперского города и был присоединен к саксонским землям, так же как аббатство Фульдское к ландграфству Гессенскому.

Князья направились теперь в район Тюрингенского леса, где франконские крестьяне из бильдхаузенского лагеря, объединившись с тюрингенскими крестьянами, сожгли много замков. У Мейнингена произошла битва; крестьяне были разбиты и отступили к городу, но последний внезапно закрыл перед ними ворота и пригрозил им нападением с тыла. Приведенный в смятение этой изменой своих союзников, отряд вступил в переговоры с князьями о сдаче, но разбежался еще до конца этих переговоров. Бильдхаузенский лагерь уже давно распался; таким образом, с уничтожением этого отряда были подавлены последние остатки восстания в Саксонии, Гессене, Тюрингии и Верхней Франконии.

В Эльзасе восстание вспыхнуло позднее, чем на правом берегу Рейна. Лишь около середины апреля поднялись крестьяне в епископстве Страсбургском, а вскоре вслед за ними — крестьяне Верхнего Эльзаса и Зундгау. 18 апреля один нижнеэльзасский крестьянский отряд разграбил монастырь Альтдорф; у Эберсгейма и Барра, а также в Виллерской долине и долине реки Урбис образовались другие отряды. Вскоре они соединились в большой нижнеэльзасский отряд и стали занимать города и местечки и разрушать монастыри.