Для суда над Никитичами дума выделила особую комиссию во главе, с окольничим Михаилом Глебовичем Салтыковым. Ему царь поручил дело, которое должно было послужить отправным пунктом суда над оппозицией. Естественно предположить, что именно Салтыкову пришлось руководить штурмом подворья Романовых, когда те отказались допустить царских посланцев для проведения обыска.

После ареста братьев Романовых власти поручили рассмотреть дело духовенству и боярам. Как и во все трудные минуты, Борис прибегнул к помощи верного ему патриарха. По этой причине судебное разбирательство проводилось не в помещении думы, а на патриаршем дворе. Туда явились Михаил Салтыков с членами комиссии и в присутствии арестованных Никитичей выложили на стол главную улику — мешок с волшебными корешками. Боярину Александру Романову была устроена очная ставка с его казначеем Бартеневым.

Никто не посмел поднять голос в защиту опальных. Напротив, все спешили выразить преданность Борису, чтобы отвести от себя подозрения в измене. «Бояре же многие, — записал летописец, — на них (опальных Никитичей. — Р.С.) аки зверие пыхаху и кричаху». Романовы были ошеломлены нападками тех, кто многие годы заседал с ними в думе. Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорити людей наших, а я-де сам видел то не одиножды».

Того же мнения придерживались и его братья. Василий Романов сказал однажды в присутствии пристава: «Погибли, деи, мы внапрасне, ко государю в наносе, от своей братьи бояр».

Годуновы щедро вознаградили тех, кто помог им расправиться с Никитичами. Михаил Салтыков тотчас после суда получил боярство. Князь Петр Иванович Буйносов-Ростовский, распоряжавшийся «на опальном дворе» Романовых, был вскоре произведен из думных дворян в бояре. Глава сыскного ведомства Семен Никитич Годунов также получил боярство.

Имеются основания полагать, что власти произвели общий розыск об измене Романовых и Богдана Бельского. Осведомленный современник дьяк Иван Тимофеев прямо утверждал, что дело Романовых явилось прямым продолжением расследования о заговоре Бельского. В свойственной ему замысловатой манере дьяк писал, что в желании «царства» были обвинены не один Бельский, «но и ины с ним в тождество единомыслие ему приплетоша, и сих такожде… по странах развея». Тимофеев, без всяких сомнений, имел в виду бояр Романовых, хотя из осторожности и не называл их имени.

Нет ничего удивительного в том, что наиболее опасные из противников Бориса старались объединить свои силы в преддверии переворота.

Власти сделали все, чтобы сведения о распрях в Боярской думе остались неизвестными иноземцам. Приставы старались всячески затруднить послам общение с московскими жителями. Волей-неволей полякам пришлось питаться слухами. Вскоре после разгрома романовского подворья по столице распространился слух о казни главных заговорщиков. В посольском дневнике этот слух отразился в виде следующей записи: «…через десять дней Второй Романович (Александр Никитич. — Р.С.) и князь Бинский (Богдан Бельский. — Р.С.) приняли смерть».

Толки, подслушанные поляками, очень точно указывали имена двух главных обвиняемых в деле о покушении на жизнь и власть царя. Сведения об их смерти оказались однако неверными.

Борис долго колебался и медлил, прежде чем вынес решение о наказании виновных. Розыск об измене Бельского начался не позднее весны 1600 г., а его наказание, такой осведомленный современник, как Конрад Буссов, отнес к 1602 г.

Сообщая о судьбе Бельского, Иван Тимофеев отметил, что его не только лишили сана («славы»), но и предали позорному наказанию, каковому в соответствии с «градскими законами» подвергались «злодеи», разбойники и «мытари».