Изучение Смуты вели теперь по нескольким в значительной мере изолированным друг от друга направлениям. Наряду с трудами по истории Крестьянской войны Болотникова появились многочисленные работы о борьбе с польско-шведской интервенцией в начале XVII в. В литературе впервые утвердился термин «интервенция» применительно к иностранному военному вмешательству в дела Русского государства. Самозванцы Лжедмитрий I и др. стали рассматриваться исключительно как орудие иностранных интервентов. Тем самым игнорировался факт поддержки самозванцев социальными низами, служивший проявлением классовой борьбы. Изучение политической борьбы, интервенции и классовой борьбы оказалось разъединенным.

Преодолению такого разобщенного взгляда способствовал выход в свет книги И. С. Шепелева «Освободительная и классовая борьба в Русском государстве в 1608–1610 гг.» и в еще большей мере — дискуссия по проблемам первой Крестьянской войны, развернувшаяся в 1958–1961 гг. В дискуссии приняли участие А. А. Зимин, И. И. Смирнов, В. И. Корецкий и др. Вступив в спор с И. И. Смирновым, А. А. Зимин высказал мысль, что Крестьянская война не прекращалась на протяжении всего периода с 1603 по 1614 г., являясь как бы стержнем всех событий того времени. Называя Лжедмитрия I игрушкой в руках польских магнатов, А. А. Зимин в то же время связывает его успех с нарастанием Крестьянской войны на южных окраинах страны и восстанием низов в Москве. Периодизация первой Крестьянской войны, предложенная А. А. Зиминым, получила признание в литературе.

Первым опытом фактического обоснования новой периодизации явилась монография Д. П. Маковского, в глазах которого все события Смутного времени были лишь последовательными этапами Крестьянской войны. На первом этапе (в 1601–1603 гг.) движущими силами антифеодального движения были закрепощаемые крестьяне и беглые плебеи-наймиты, превращенные в холопов. На втором этапе решающая роль принадлежала казачеству, а также городскому бюргерству — средней и мелкой буржуазии и плебсу. Д. П. Маковский считал Лжедмитрия I вождем революционного плебса и казаков, а события начала XVII в. трактовал как раннюю форму буржуазной революции. Попытка возродить концепцию Смуты, выработанную школой Покровского, однако, не получила поддержки у историков.

Значительным явлением в историографии последних лет явилась книга В. И. Корецкого «Формирование крепостного права и первая Крестьянская война в России», основанная на огромном архивном материале. Автор всесторонне исследовал социальную политику государства на разных этапах Смуты. Особое внимание он уделил восстанию Хлопка и попытке Лжедмитрия I восстановить Юрьев день в России.

Анализируя движущие силы. Крестьянской войны, В. Д. Назаров сформулировал положение о главных особенностях первой Крестьянской войны. «Своеобразие России, — отметил В. Д. Назаров, — состояло в том, что объективно роль активного начала в открытой классовой борьбе, роль „идеолога“ и в известной мере организатора взяло на себя казачество», которое ходом событий раскололось на ряд соперничавших течений и «оказалось неспособным на более или менее длительное объединение угнетенных слоев города и деревни».

Важное значение для понимания событий Смутного времени имеют наблюдения Л. В. Черепнина и В. И. Буганова относительно тех периодов, когда классовая борьба сливалась с национальной освободительной, когда сама борьба против интервентов в определенной степени приобретала антифеодальное содержание, так как народные низы видели в них не только национальных, но и классовых врагов.

Большой интерес представляют исследования, посвященные внешней политике Русского государства в период Смуты и внешнеполитической ориентации повстанческих сил в период восстания Болотникова.