Борис сохранил пост главы Боярской думы за удельным князем Ф. И. Мстиславским. Дворяне — князья А. В. Трубецкой, Б. К. Черкасский, В. К. Черкасский числились в списке «князей служилых» при дворе царя Федора. В годуновской думе они заседали как бояре. Однако двое удельных владетелей — царь Симеон Бекбулатович Тверской и князь Иван Воротынский оставались не у дел. Годунов пожаловал в бояре служилого князя Степана Волошского.

Грозный казнил покорителя Казани князя А. Б. Горбатого Суздальского, едва ли не самого крупного из военачальников XVI в. Борис Годунов приказал тайно умертвить виднейшего воеводу князя И. П. Шуйского, героя псковской обороны. Однако несмотря на предыдущие опалы суздальские князья заняли самое высокое положение в думе Годунова. Боярский чин имели князья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские.

Опричнина Ивана Грозного нанесла ощутимый удар младшей суздальской знати. Ростовские и Стародубские князья надолго были изгнаны из Боярской думы. Все это нарушило устоявшуюся систему местнических отношений. Назначения, проведенные Годуновым, должны были в известной мере восстановить положение, существовавшее до опричнины. Борис пожаловал в бояре князя М. П. Катырева-Ростовского, в окольничие — князя Д. И. Хилкова. Князь П. И. Буйносов-Ростовский стал думным дворянином, а позже боярином.

Вернувшиеся в думу князья обладали блестящим родословием, но чтобы вернуть себе прежнее значение они неизбежно должны были вступить в борьбу с преуспевшей на службе знатью. Получив боярство, князь Катырев возобновил давнюю тяжбу с Мстиславским. Видимо, это отвечало политическим расчетам Годунова.

Стремясь создать возможно более широкую опору своему трону, царь Борис не побоялся ввести в думу некоторых влиятельных лиц из числа своих давних противников. При нем чин боярина носил князь А. П. Куракин, немало повредивший Годуновым при царе Федоре и поплатившийся за то долгой ссылкой. Борис не доверял Голицыным и тем не менее сделал боярином князя В. В. Голицына. Современники называют Александра Никитича Романова не только соперником в борьбе за трон, но и личным врагом правителя Бориса. Однако после коронации Годунова Александр получил боярство, а его брат Михаил Романов — окольничество.

Описывая политику Бориса, некоторые писатели и мемуаристы утверждали, будто он всеми силами стремился унизить и истребить знать. Данные о назначениях в Боярскую думу не подтверждают их слов. При Борисе княжеская аристократия, казалось, вновь обрела влияние в думе, которым пользовалась до опричнины. Ее представительство в высшем органе государства расширилось.

Жалуя знать, Борис одновременно старался укрепить в думе позиции своей родни. Его дядя Дмитрий Иванович Годунов получил титул конюшего — старшего боярина думы, боярин Степан Васильевич Годунов занял пост главы Большого дворца. В разное время в качестве бояр в думе царя Бориса заседали Иван Васильевич Семен Никитич и Матвей Михайлович, в качестве окольничих — Никита Васильевич, Степан Степанович, Иван Иванович и Петр Васильевич Годуновы. Таким образом, на долю Годуновых приходилось почти треть состава двух высших «чинов» думы — бояр и окольничих.

Старомосковская знать была представлена в думе значительно менее полно, чем высшая титулованная аристократия. Наибольших успехов на службе у Бориса добились Морозовы и Басмановы-Плещеевы,

Годунов заботился о воинском чине. Но он был далек от того, чтобы распахнуть двери Боярской думы перед представителями дворянства. Думные дворяне не вернули себе того влияния, которым они пользовались при Грозном.