В. В. Голицын был сослан, Шакловитый, Медведев и состоявшие в заговоре с ними стрельцы были казнены. Софья должна была удалиться в Новодевичий монастырь; оттуда она не переставала разными тайными путями поддерживать сношения со стрельцами, которые были недовольны своей службой.

Во время пребывания Петра за границей (1698), стрельцы подняли восстание, с целью, между прочим, поручить правление снова Софье. Восстание стрельцов кончилось неудачей, главарей казнили. Петр возвратился из-за границы. Казни повторялись с новой силой.

Софья была пострижена в монашество под именем Сусанны. Пред окнами ее кельи Петр велел повесить несколько трупов казненных стрельцов. Сестра Софьи Марфа была пострижена под именем Маргариты и сослана в Александровскую слободу, в Успенский монастырь. Софья оставалась в Новодевичьем монастыре и содержалась там под самым строгим надзором. Сестрам запрещено было видеться с нею, кроме Пасхи и храмового праздника в Новодевичьем монастыре.

Умерла Софья в 1704 г. По общему мнению, Софья была человек большого, выдающегося, «великаго ума и самых нежных проницательств, больше мужска ума исполненная дева» — как выразился о ней один из ее врагов.

Суждения о ней историков не отличаются беспристрастием и в большинстве случаев далеко не сходны между собою. При Петре и в первое время после смерти Петра к личности Софьи относились очень враждебно, считали ее врагом петровских преобразований, закоснелой защитницей старины и умственного мрака. Только в конце XVIII в. делаются попытки снять хоть часть обвинений с Софьи. К деятельности ее, как правительницы, с уважением относился Г. Ф. Миллер, Карамзин и Полевой признавали Софью замечательной женщиной, ослепленной только властолюбием. Устрялов говорит о Софье с негодованием, называя ее русскою Пульхерией. И. Е. Забелин видит в Софье воплощение византийских идеалов. В своей деятельности она имела определенную цель, «твердо и неуклонно решилась вести борьбу с мачехою, идти к своей властолюбивой цели; она вела решительный заговор против брата и его семьи». Для Соловьева Софья — «богатырь-царевна», «пример исторической женщины, освободившейся из терема, но не вынесшей из него нравственных сдержек и не нашедшей их в обществе». Подобным же образом многое в деятельности Софьи объясняет и Костомаров. Аристов, в своей книге «Московские смуты в правление царевны Софьи Алексеевны», старается обелить Софью. По его мнению, причина майского бунта заключается в стрельцах и ни в ком ином. Погодин не идет так далеко, как Аристов, но не решается в стрелецких бунтах винить безусловно одну Софью. Брикнер считает Софью властолюбивой, думает, что она в 1682 г. воспользовалась стрелецкими волнениями как готовым материалом, а в 1689 г. агитировала против Петра. Прежние обвинения Софьи во всем, по его мнению, строились на шаткой почве. А потому Брикнер отказывается «определить меру преступлений Софьи». Белов, не оправдывая Софью, считает виновными и Нарышкиных, видя в них такую же активную силу, какою были Милославские. Профессор Е. Ф. Шмурло примыкает к этому взгляду. По его мнению, Софья вовсе не является профессиональной интриганкой, равно как она и не плыла по течению, отдавшись велениям судьбы. «Софья домогалась не чего другого, как того же самого, чего домогалась и Наталья Кирилловна. За царскую корону ухватились обе женщины, одна для сына, другая для брата, с тем лишь разве различием, что одна по чувству материнскому желала видеть эту корону на голове сына ради интересов сына же; другая в брате видела орудие интересов личных… Корона досталась Наталье.