В более передовых, южных районах в I тысячелетии до н. э. в изобилии появляются характерные для позднего неолита шлифовальные орудия, а в погребениях — металлические изделия. Керамика хорошо обожжена, иногда изготовлена на гончарном круге, чаще всего гладкая или с простым орнаментом (тип яей). Население уже заселило внутренние части островов и было знакомо с земледелием и зачатками скотоводства.

С наступлением эпохи металла намечается имущественная дифференциация, на которую указывают погребения в двойных урнах и богатый погребальный инвентарь (бронзовые зеркала, мечи и кинжалы). Эта дифференциация усиливается в так называемую курганную эпоху (ранний железный век).

Этническая принадлежность древнейшего населения архипелага еще не окончательно выяснена. В образовании японской народности приняли участие, как уже указывалось, как айны и другие южные племена, так и — позднее — племена монголо-малайского происхождения.

С середины первого тысячелетия до н. э. на Японские острова через Корейский пролив с юга Корейского полуострова проникают так называемые протояпонские племена. С их приходом на островах появились домашние животные — лошадь, корова, овца, к этому периоду относится и возникновение культуры поливного риса. Процесс культурного развития пришлых племен, их взаимодействие с местным аустронезийско-айнским населением происходили вплоть до V в. Основным направлением хозяйства на Японских островах окончательно стало рисосеяние.

В более поздний период островное население окончательно восприняло из Кореи, а также из Китая элементы китайской и корейской культуры. К этому времени на юге Кюсю завершилась ассимиляция остатков аустронезийского населения. Одновременно начался процесс заселения лесистого севера острова Хонсю. Местное айнское население этого острова частично смешалось с пришельцами, частично было оттеснено на север.

Эти процессы привели к тому, что в настоящее время Япония — одна из самых однородных по этническому составу стран мира, основу нации (более 99 процентов населения) составляют японцы. Айны теперь сохранились лишь на Хоккайдо, их численность не превышает 20 тыс.

История Японии с 1 в. до н. э. известна уже по письменным источникам. Самые ранние сведения содержатся в китайских исторических памятниках: в «Истории Старшей династии Хань» и «Истории Младшей династии Хань» сообщаются сведения о Японии I в. до н. э. — II в. н. э., в «Истории Вэй» (Вэйчжи) и «Истории Сун» (Суншу) — сведения о Японии II — V вв. н. э. Японские хроники «Кодзики» (VIII в. н. э.) и «Нихонги» (VIII в. н. э.) более подробны, нежели китайские, в том, что касается самой Японии, но менее точны. Хронология их весьма запутана и до VI в. н. э. мало достоверна. Кроме того, в них много более поздних наслоений.

Согласно японской системе верований — синтоизму японская нация ведет свое начало от богини солнца Аматэ-расу, прямым потомком которой был легендарный император Японии Дзимму (Дзимму-Тэнно), взошедший на престол государства Ямато в 660 г. до н. э. и положивший начало непрерывной династии японских императоров. В Японии принято подразделять историю страны на эры правления того или иного императора. Личность императора, сама идея императорской власти всегда выступали как важнейший цементирующий фактор национального самосознания японцев.

В начале нашей эры японские племена заселяли не всю территорию архипелага, а лишь часть островов Хонсю и Кюсю. На севере Хонсю жили айны (эбису), на юге — кумасо (хаято).