Особенно характерным фактом такой цинической и кровавой борьбы за светскую власть является борьба пап Григория VII, Иннокентия III и [Иннокентия] IV. При последнем был врагом церкви Фридрих Гогенштауфен, король двух Сицилии, талантливый человек и «вольнодумец», который, между прочим, «глумился над христианской религией» и предлагал своему дворянству «создать несравненно лучший догмат веры и образ жизни», за что был проклят папой и «отлучён от церкви», — отлучение давало право подданным Фридриха не считать его своим королём и не подчиняться ему. Но в ту пору — во второй половине XII века — озлобление против римской церкви и епископов её было таково, что даже лавочники и ремесленники городов Германии встали на защиту власти короля и дворян, «так что никто со знаком креста не смел появляться на улице, не рискуя быть оскорблённым и даже убитым», как рассказывают хроники той поры.

В XII веке папы организовали «инквизицию» — учреждение, на которое была возложена обязанность борьбы против церковных ересей и вообще свободной мысли. Инквизиция — самое значительное и гнусное, чего достигла церковь в процессе воспитания людей продажными предателями, лживыми, лицемерными и жестокими. «Даже мёртвые не избавлялись от преследования инквизиции». Если после смерти человека оказывалось, что он при жизни мыслил нецерковно, труп его вырывали из могилы и жгли на костре так же, как жгли живых людей. Имя еретика торжественно проклиналось, «предавалось бесчестию», у наследников отбирали имущество в пользу церкви. Преследовался не только факт протеста, но самая идея его, возможность протеста.

Фанатизм церковников хитёр, расчётливо бесчеловечен, и, хотя его сила словесно выражается крикливо, он, в сущности, холоден и бесстрастен; сначала это — бесстрастие уверенности в силе своей власти, в безнаказанности действий, затем это — бесстрастие палача, который лично заинтересован в истреблении врагов его хозяина и соратника. Само собою разумеется, что фанатизм совершенно не способен к самокритике — основе познания человеком самого себя и мира. Он осуждает всякую критику как враждебную ересь даже и тогда, когда сам критик мыслит церковно, как, например, Лев Толстой, отлучённый от церкви в 1901 году. Церковники преследовали не только Толстых и Галилеев, сжигали живыми на кострах не только Джордано Бруно, Яна Гуса и множество других, не только уничтожали людей, не веровавших в бытие бога, в девство матери Христа, бессмертие души и прочие фантазии, — они проклинали — «анафемствовали», «предавали сатане» — не только материалистически мыслящих, но и революционно действующих: Степана Разина, Емельяна Пугачева, а также «самозванцев»: Григория Отрепьева, Тимофея Анкудинова, который выдавал себя за сына царя Василия Шуйского, проклинали Ивана Мазепу. Отсюда ясно, что, ревниво охраняя «чистоту и крепость веры», церковники заботились о покое царей и утверждении их безответственной власти тоже усердно.

В фанатизме нет идей, они заменены «догматами», то есть понятиями, которые «приняты на веру», обязательны для верующих и критическому исследованию не подлежат.

Знание — продукт наблюдения, сравнения, результат строгого изучения критической мыслью явлений природы и социальной жизни. Знанием создаются руководящие идеи, которые служат нам орудиями дальнейшего изучения мира, облегчая процессы изучения. Научное знание утверждает те или иные идеи — гипотезы, теории, — но, когда посредством применения этих идей к работе исследований явления мира опыт науки расширяется, углубляется и рабочие идеи уже не вмещают, не охватывают его, — эти идеи отходят в область истории науки, место их занимают другие, извлечённые из расширенного и углублённого опыта.