Вскоре началась война с Речью Посполитой; польские войска осаждали Смоленск и Москву. В начале 1611 года стало формироваться русское ополчение: казаки не смогли между собой договориться и воевали и на той, и на другой стороне. Тогда же возник Лжедмитрий III и с казаками занял Псков, а на юге казаки бились за Лжедмитрия IV (первый был разбит, второй куда то делся). Тем не менее в тот период казаки, видимо, были сильны как никогда. В 1613 году измученные и обалдевшие бояре объявили очередной Земский собор (он собирался в сложных для Москвы ситуациях) для выборов царя (как можно видеть, и царей нередко выбирали, только избирательный ценз был гораздо уже, чем у древних республиканцев и казаков): участвовать должны были верхи духовенства, Боярская дума и «земские люди» – свободные представители разных сословий и местностей. В знаменитой «Повести о Земском соборе»  говорилось: «И хожаху казаки в Москве толпами, где ни двигнутся гулять в базарь – человек 20 или 30, а все вооружённы, самовластны, а меньши человек 15 или десяти никако же не двигнутся. От боярска же чина никто же с ними впреки глаголети не смеюше и на пути встретающе, и бояр же в сторону воротяще от них, но токмо им главы свои поклоняюще».

Казаки предложили три кандидатуры: князь Д. Т. Трубецкой, князь Д. М. Черкасский (оба – опальные) и мальчик Михаил Фёдорович Романов. В апреле 1613 года Михаил был избран царём. Шведский посланник доносил из Москвы, что казаки осадили дворы бояр и силой заставили избрать Михаила. (Уж наверное не только силой; кого то и уговорили, да и многие бояре одобряли такой выбор). «Хронограф» второй половины XVII века упоминает, что за избрание Романова высказался на соборе донской атаман. Чем казакам нравился этот вариант? Формально они ссылались на то, что он наиболее законен, ибо его отца, патриарха Филарета, в своё время благословил царь Фёдор. Наверное, важнее было то, что Филарет в своё время пострадал от Годунова и был сторонником Лжедмитрия II. А путешественник Жак Маржерет докладывал английскому королю Иакову I, что казаки просто рассчитывают манипулировать новым царём. Отчасти их расчёт оправдался. От Земского собора совместно с Духовным собором они получили грамоту: «А за свою нынешнюю и прежнюю многую службу вы, Донские казаки, от всемогущего Бога милости, а от царя Михаила великое жалование, от всяких людей Московского государства и от окрестных государств честь и славу и похвалу будете иметь». Казакам было разрешено ездить в какие угодно русские города. Сношения с ними перешли в ведение Посольского приказа. От Михаила они регулярно получали всяческие похвалы, он пожаловал их знаменем. Было ли всё это так уж хорошо для казаков? Н. И. Костомаров: «До эпохи самозванцев козачество, по видимому, готовилось образовать отдельное общество в русских южных краях и хотело только укрыться с своею независимостью от северного единовластия; но, вмешавшись в дела Москвы в начале XVII века, оно вошло в неразрывную связь с нею...»

Ещё несколько лет отряды казаков шатались повсюду и занимались грабежом, но всё затихло в 1618 м, когда Михаил стал выплачивать Дону жалованье регулярно, а не эпизодически.