Так прошла зима, но вскоре оказалось, что Катарина после трех бесплодных браков забеременела. Она тяжело переносила это состояние, ее раздражало все, включая присутствие подопечной, к которой муж стал проявлять все больше интереса. Будучи на шестом месяце беременности, Катарина как-то застала Елизавету в объятиях мужа. Заботясь о репутации принцессы, занимавшей второе место в порядке престолонаследия, мачеха отослала подопечную в Чешнт в Херфордшире к супружеской чете, сэру Энтони и Джоан Денни. Странная троица, впрочем, рассталась полюбовно, и Елизавета, продолжая заниматься под руководством Эскема, мирно переписывалась с супругами. Все они с надеждой ожидали рождения ребенка в полной уверенности, что это будет сын.

— Если Господь дозволит прожить ему столько же, как и его отцу, — заявил как-то Сеймур жене, — он отомстит за все сии несправедливости так, как ни ты, ни я не можем сделать ныне. Таков уж этот мир, и только Господь исправит его.

К разочарованию всех троих, в конце августа 1548 года родилась девочка. После недели страданий, временами впадая в бред, утверждая, что ее отравили, Катарина скончалась, завещав свое огромное состояние мужу. Крестной матерью ребенка стала будущая «девятидневная королева» леди Джейн Грей. После смерти мачехи Елизавета тотчас же вернулась в дом своего детства в Хэтфилде.

Считается, что кончина Катарины Парр косвенным образом подписала смертный приговор Томасу Сеймуру. Если бы эта дальновидная, хладнокровная женщина осталась жива, она, несомненно, удержала бы мужа от вступления на путь легкомысленных авантюр. Тотчас же после похорон он послал своего племянника Джона Сеймура к Елизавете оказать помощь при ее переезде и обустройстве в Хэтфилде, но в шутку поручил Джону узнать, «не стали ли меньше ее большие ягодицы». Вновь пошли слухи, что Сеймур собирается жениться на Елизавете. Она же теперь стала относиться к Томасу с большей осторожностью, ибо ее счетовод Томас Парри, также навестивший Сеймура по делам, доложил ей, что тот интересовался финансовым положением и ежегодным доходом принцессы. Парри осмелился спросить у нее, не собирается ли ее высочество выйти замуж за Сеймура, на что Елизавета весьма расплывчато повторила уже известную нам фразу:

— Если дело дойдет до сего, я поступлю так, как Господь вразумит меня.

Томас принялся добиваться того, чтобы подчинить своему влиянию молодого короля Эдуарда. Он потихоньку стал снабжать его наличными деньгами, чего не делал лорд-протектор, зашедший в своих пуританских устремлениях настолько далеко, что даже запретил Эдуарду принимать полагающиеся новогодние подарки. Молодой принц, втайне начавший на эти подпольные средства играть в карты и держать пари, стал чем-то вроде яблока раздора между двумя братьями. Томас всячески старался склонить короля на свою сторону, но этот десятилетний мальчик не осмеливался проявить должную решительность. Тогда Сеймур стал подумывать о мятеже, известно об его обращениях о поддержке к флоту, находившемуся под его командованием. В конце концов, он пошел на совершенно авантюрный шаг, сделав попытку выкрасть короля, но потерпел неудачу, был арестован и заключен в Тауэр.

Ему предъявили тридцать три обвинения, которые, в сущности, сводились к трем: 1) заговор с целью получить власть над королем; 2) замысел жениться на принцессе Елизавете без согласия короля и Совета; 3) потакание пиратам и получение краденого добра от них. У него конфисковали все имущество, объявили виновным по всем трем пунктам и приговорили к смертной казни. Его брат недрогнувшей рукой подписал смертный приговор. Принцесса же Елизавета подпала под подозрение сговора с Сеймуром. Ее воспитательница Кейт Эшли и счетовод Томас Парри были арестованы, заключены в Тауэр и подвергнуты тщательному дознанию.