У Пожарского был скромный чин стольника. Его беспокоило и собственное нездоровье, и слухи о том, что нижегородцы не оказывают должного повиновения своим городским воеводам. Кузьме Минину пришлось лично отправиться в Мугреево, чтобы рассеять опасения стольника. Для завершения переговоров в усадьбу прибыли печерский архимандрит Феодосий, дворянин Ждан Болтин и выборные посадские люди. Пожарский заявил им, что согласен встать во главе ополчения, но потребовал назначения в помощники себе посадского человека. Архимандрит отказал князю, заявив, что в городе нет подходящего человека. Тогда Пожарский назвал имя Кузьмы Минина. В январе 1612 года Минин и Пожарский известили города, что они намерены начать московский поход и перейти из Нижнего в Суздаль.

Формирование рати в Нижнем Новгороде встревожило польское командование Кремля. Гонсевский потребовал от патриарха, чтобы тот задержал наступление нижегородского ополчения на Москву. Московский летописец рассказывает об этом эпизоде следующее: «Литовские ж люди слышаху на Москве, что собрание в Нижнем ратным людем, и посылаху к патриарху, чтобы он писал, чтоб не ходили под Московское государство». Как и следовало ожидать, приспешникам Гонсевского не удалось запугать Гермогена. Узник «рече им: да будут те благословени, которые идут на очищение Московского государства, а вы, окаянные московские изменники, будете прокляты».

Столкновение с Гонсевским имело роковой исход. С Кирилловского подворья, где опального содержали в сравнительно легких условиях, его перевели в подземную тюрьму в Чудовом монастыре, где он и принял смерть. Семибоярщина пыталась утаить от страны кончину патриарха. Прошло два месяца, прежде чем власти Троице-Сергиева монастыря дознались обо всем и известили народ о том, что изменники «твердого адаманта и непоколебимого столпа, паче подобно рещи нового исповедника святейшаго Ермогена со престола бесчесне изринуша и во изгнании нужне умориша». В Троице не сомневались, что Гермоген погиб насильственной смертью, но не знали подлинных обстоятельств его кончины. В сказаниях Смутного времени можно встретить упоминание о том, что первосвященник «от зноя затхошася мученически», то есть его отравили угарным газом. Среди поляков распространился слух, что Гермогена удавили. Однако толки и слухи никогда не могут служить заменой достоверного источника. Наибольшего доверия заслуживает летопись, составленная при патриаршем дворе. В ней находим, во-первых, точную дату гибели патриарха и, во-вторых, много подробностей, отличающихся реализмом и соответствием исторической обстановке.

После заточения святителя в Чудовом монастыре, писал автор этой летописи, «начаша его морити гладом и умориша его гладною смертию… в лето 7120 (1612) году, месяца февраля в 17 день». К сказанному летописец добавил, что патриарх умер не потому, что ему перестали давать еду. «Злии немилостивии приставники (стражи. — Р.С.), — значится в летописи, — …меташа бо страдальцу Христову нечеловечески пищу — на неделю сноп овса и мало воды». К февралю 1612 года положение с продовольствием в Кремле стало отчаянным. Из-за долгой осады запасы хлеба были исчерпаны, и наступил голод. Члены семибоярщины находились в привилегированном положении, но на тюремных сидельцев привилегии не распространялись. В крепости овес ценился баснословно дорого.