В заключении судебно-медицинской комиссии сказано о том, что точную причину смерти подводников, находившихся в средних отсеках, из-за гнилостных изменений тканей и органов установить трудно. «Есть признаки асфиксии (пятна Рассказова — Лукомского под плеврой и мелкоотечные кровоизлияния под конъюктивами век у наиболее сохранившихся трупов). Обширные травмирования поврежденных тел, в большинстве своем сопровождавшиеся разрушением головы, обнаруженные на одиннадцати исследованных трупах, могли возникнуть в результате грубого механического воздействия».

В ходе расследования всех волновал вопрос: сколько жили моряки, остававшиеся в первом и седьмом отсеках? Проведенные расчеты показали, что в первом отсеке при полном покое люди могли оставаться в живых двадцать с половиной часов, в седьмом — около шести часов. Но учитывая большое психическое перенапряжение, когда дыхание учащается, в первом отсеке находившиеся там десять человек могли жить немногим более десяти часов, а в седьмом находившиеся там четырнадцать моряков — около трех часов. Если отсеки были частично затоплены еще при жизни людей (а они находились там без гидрокомбинезонов), то переохлаждение также могло сократить их жизни почти на час.

Как стало известно при обследовании подводной лодки, в первом отсеке четверо подводников включились в ИДА-51 на дыхание чистым кислородом. Это могло, помочь им продержаться еще час-полтора, после чего наступило неизбежное кислородное отравление. Один из находившихся в первом отсеке старшин, не выдержав мучений, покончил жизнь самоубийством. Его так и нашли лежавшим в койке и затянувшим себе шею ременной петлей… В седьмом отсеке никто ИДА не использовал. Почему ни в первом, ни в седьмом отсеках не использовали находившуюся там регенерацию, осталось неизвестным.

Для розыска и извлечения тел погибших были созданы группы из врачей подводных лодок, водолазов и матросов срочной службы. Из-за исключительно тяжелых физических и психологических нагрузок каждая смена работала не более сорока минут, причем врачи и водолазы успевали спуститься за это время в лодку по 2–3 раза. Рядом с поднятой подводной лодкой встал десантный корабль, на который трупы переносили через опущенную аппарель. Офицеры-судмедэксперты производили обследование тел. Затем тела погибших помещали в специальные брезентовые мешки с бирками и лямками и переносили на самоходную баржу, где укладывали в трюме со льдом, для подготовки к захоронению. Все это было настолько тяжело для участников данной процедуры, что даже сейчас, по прошествии многих лет, все они вспоминают о тех страшных днях с содроганием.

Члены экипажа подводной лодки, были захоронены со всеми воинскими почестями под залпы ружейного салюта в Оленьей губе. Ныне на их могиле стоит скромный памятник. Долгое время уходящие в море подводники обязательно приходили к этому памятнику, чтобы почтить память павших на боевом посту.

Саму подводную лодку специалисты признали не подлежащей ремонту и негодной ни к какому использованию. Из-за того, что находящиеся в торпедных аппаратах торпеды, пробыв долго под водой, были чрезвычайно опасны, было решено подводную лодку уничтожить. Эхо взрыва, вспугнувшее чаек, стало своеобразным прощальным салютом погибшим. Искореженные останки несчастливой субмарины позднее разделали на металл. «Дело» С-80 было засекречено и отправлено на хранение в архив.

Впоследствии опыт подъема С-80 использовали при подъеме затонувшей в октябре 1981 года тихоокеанской подводной лодки С-178, а еще через три года при подъеме с грунта у берегов Камчатки атомной подводной лодки К-429.