Однако прибывший в район аварии главнокомандующий ВМФ СССР Горшков отверг все предложения, приказал установить с затонувшей лодкой телефонную связь, подать с поверхности через шланги воздух внутрь лодки, сделав для этого отверстие в корпусе, и готовиться к судоподъему по новому, только что разработанному методу.

В районе аварии было сосредоточено множество кораблей и спасательных судов, сам главнокомандующий непрерывно разговаривал по телефону со старшим помощником командира и старшим на борту ПЛ, успокаивая их и команду обещаниями скорейшего спасения. Но начавшийся шторм сорвал воздушные шланги, нарушил связь и задержал на несколько дней спасательные работы. Экипаж лодки трагически погиб.

Гибель подводной лодки М-200 и 28 членов ее экипажа во время «спасательных» работ была настолько скрыта, что ее наименование не указано в списке экипажей погибших подводных лодок и под фотографией памятника погибшим балтийцам-подводникам в г. Палдиски».

Справедливости ради следует отметить, что факт прибытия к месту гибели М-200 главнокомандующего ВМФ в материалах расследования обстоятельств трагедии не отмечен. Не помнят приезда адмирала Горшкова и другие участники тех событий. Они же приписывают распоряжения главкома командующему Балтийским флотом адмиралу Головко…

Спустя шесть дней подошедшее из Кронштадта спасательное судно «Коммуна» завело стропы и подняло затонувшую подводную лодку к себе на палубу. Через несколько часов «Коммуна» уже ошвартовалась в Таллинской гавани.

Ночью началась операция по извлечению тел погибших подводников из отсеков подводной лодки. Как водится, больших начальников при этом не было. На стапель-палубе «Коммуны» присутствовал лишь экипаж спасателя, командование дивизиона спасательных судов и врачи. Доставать подводников предстояло водолазам. Для помощи им и погрузки тел на носилки были выделены матросы подводной лодки той же бригады М-239. Каждому из водолазов, кому предстояло спускаться в лодку, налили для поддержки духа по стакану разведенного спирта. Затем они надели легководолазные маски. При свете прожекторов отдраили люки. Вначале люк в центральный пост, а затем и в первый отсек. Наконец, водолазы скрылись в чреве мертвой субмарины…

Вспоминает бывший командир подводной лодки М-200 капитан 1-го ранга Б. И. Радионов: «По приказу комбрига я выехал из Палдиски в Таллин. Я просил это сделать 25 ноября, когда еще были шансы спасти часть экипажа, но тщетно, ведь я лучше всех знал свой экипаж и теперь должен был опознать погибших ребят. Стоял я на палубе «Коммуны» недалеко от лодки. Водолазы по одному выносили погибших и укладывали рядом со мной на носилки. Кого можно было узнать, я называл. Тех ребят, кто погибли в масках, узнать было нетрудно. Они были словно живые, только, казалось, спят. У тех же, кто перед смертью маски срывал, лица были страшно и непропорционально раздуты, и опознать их было очень трудно. Смотреть на них было и страшно, и больно. Штурмана Мишу Низковских я опознал только по его рубашке. Когда всех достали и погрузили на машины, поехали в морг. Я пробыл там на всей процедуре вскрытия. Помню, что одновременно врачи работали на трех-четырех столах, ярко светили лампы. Врачи ловко вскрывали грудные клетки, выворачивали наружу ребра… Зрелище не для слабонервных. События той страшной ночи даже теперь, по прошествии стольких лет, я вспоминаю как сплошной кошмар».

А через пару дней состоялись похороны погибших. Траурный митинг проходил в гарнизонном матросском клубе, переоборудованном из бывшей церкви. Прощаться с экипажем М-200 пришел весь городок. Старшим из начальников присутствовал командующий Восточно-Балтийской флотилией вице-адмирал Чероков и член военного совета контр-адмирал Сливин.