18 мая в Генеральном штабе состоялось большое заседание по теме «Анадырь». От Военно-Морского Флота на него был приглашен начальник ГШ ВМФ адмирал Зозуля, но из-за болезни вместо него там присутствовал адмирал Сергеев.

В общих чертах структура ГСВК была такова: во главе всех войск стоял главком генерал армии Иса Плиев. Непосредственно на Главкома замыкались и восемь заместителей по видам вооруженных сил. Заместителем главкома по ВМФ был назначен вице-адмирал Абашвили, прошедший войну на балтийских эсминцах и участвовавший в наиболее крупном морском бою в Ирбенах.

Ракетные войска ГСВК состояли из дивизии в сорок пусковых установок новейших по тому времени ядерных ракет Р-12 и Р-14. Войска ПВО: из 24 ракетных дивизионов, двух артиллерийских батарей и сорока истребителей МиГ-21. В состав ВВС входили: два полка крылатых фронтовых ракет, полк самолетов-ракетоносцев и вертолетный полк. Сухопутные войска состояли из четырех отдельных мотострелковых полков и тыла, включавшего и госпиталь на шестьсот коек.

Достаточно внушительно выглядела и предлагаемая к размещению на Кубе военно-морская группировка. На острове планировалось создать эскадру надводных кораблей в составе двух артиллерийских крейсеров 68-го проекта, двух ракетных эсминцев и двух эскадренных миноносцев. Кроме того, намечалось создание и эскадры подводных лодок, состоящей из дивизии ракетных дизельных подводных лодок (18-я дивизия подводных лодок) — семь единиц и бригады торпедных подводных лодок (211-я бригада) — четыре подлодки. Кроме того, в состав эскадры должны были войти и две плавбазы. Помимо присутствия крупных надводных кораблей и подводных лодок планировалось сформировать и отдельную бригаду ракетных катеров типа «Комар» из двенадцати единиц.

Кроме того, в состав группировки ВМФ должны были также войти и береговые части: ракетный полк береговых установок «Сопка», полк торпедоносцев-бомбардировщиков Ил-28 (33 самолета) и отряд судов обеспечения (два танкера, два сухогруза и одна плав-мастерская).

Впервые после знаменитых средиземноморских кампаний XVIII–XIX веков создавалось столь мощное военно-морское объединение, которому предстояло выполнять боевую задачу вдали от метрополии, базируясь на иностранные порты.

Разумеется, на первом этапе наибольшую проблему приобретал вопрос переброски столь огромного количества войск и техники через океан. Воздушные перевозки отпали сразу, ведь первый прямой полет в Гавану был осуществлен только в июле 1962 года. Поэтому все взоры обратились к морскому транспорту. Но и здесь возникали трудности, ведь судам предстояло пройти около одиннадцати тысяч миль. К тому же было совершенно неизвестно, что могут предпринять американцы против растянувшихся по всему океану караванов. Не исключались провокации и их европейских союзников. Наиболее опасными участками кубинского маршрута представлялись датские и средиземноморские проливы, где преградить путь советским транспортам было проще простого.

Возникла и еще одна проблема — Советский ВМФ не имел в своем составе войсковых транспортов, чтобы быстро перевезти армейские части. Поэтому предстояло в кратчайший срок приспособить к переброске войск и боевой техники без малого восемьдесят пять гражданских судов. Их предстояло собрать, укомплектовать опытными экипажами и дооборудовать всем необходимым. Задача не из простых. Кроме этого, на суда ставилось и зенитное вооружение. Портами отправки определили следующие военно-морские базы: Балтийск, Лиепае, Николаев, Севастополь и Североморск. Гражданские порты для этой цели не подходили — они не обеспечивали скрытности.

13 июня 1962 года в Главный штаб ВМФ прибыла директива Генерального штаба № 79604 с указанием начать разработку морской части темы «Анадырь». Одновременно генерал армии Захаров распорядился выплатить всем участникам предстоящего похода на Кубу денежное содержание на три месяца вперед.