Однако совершенно неожиданно вышел новый приказ о перерегистрации. Всех, кто в Феодосии явился добровольно, арестовывали и под конвоем отправляли в Виленские и Крымские казармы, превращенные большевиками в казармы. В них одновременно содержалось до 500 пленных. Утренняя побудка оставшихся в живых начиналась пением «Интернационала» и «политзанятиями». Каждую ночь по команде «Рота! Встать!» комендант казарм будил заключенных, зачитывал списки приговоренных к расстрелу, несчастные отделялись от «личного состава» и отправлялись конвойными командами к месту расстрела. В декабре 1920 года массовые расстрелы проводились прямо во дворе Виленских казарм. Тела убитых сбрасывались в старые генуэзские колодцы. Когда колодцы заполнились, приговоренных выводили за пределы казарм, вели к угольным копям, там заставляли рыть могилы и с наступлением темноты расстреливали.

Лишь единицы приглашенных солдат и офицеров для повторной регистрации в первые дни советской власти в городе усомнились, бежали в горы, к «зеленым». Большая часть крымского офицерства стала жертвой собственной дисциплинированности и доверия к советской власти. Так называемые фильтрационные пункты, где большевиками проводился отбор вероятных кандидатов на расстрел, описан очевидцем этих событий, корнетом Сводно-гвардейского кавалерийского полка А. Эдлербергом: «В глубине большого двора пара сотен людей, и через открытые настежь ворота прибывали все новые… Большинство было явно из низов — солдаты; но осанка, одежда выдавали иногда офицеров, теперь бывших. Время шло, и двор почти заполнился людьми, когда неожиданно раздался резкий свисток: тотчас ворота захлопнулись, из стоявшего поодаль флигеля выбежали несколько десятков красноармейцев с примкнутыми штыками; двери… распахнулись, и с десяток матросов выкатили на широкое крыльцо два „максима“. Громовая команда „Смир-р-но!“ заставила нас привычно вытянуться и замереть. Потом я подумал, что это хитрый способ определить военную выучку, а следовательно, и звание пленных. Так начался отбор „чистых“ и „нечистых“: по приказу мы по двое подходили к новоявленным „авгурам“, которые безапелляционно, лишь взглянув, командовали — налево или направо. Сортировка продолжалась долго. К этому времени прибыла еще из Феодосии рота красноармейцев, окружила „левых“, выстроившихся в колонну по четыре в ряд, и нас погнали обратно к городу…»

Еще до объявления регистрации как уловки для выявления чинов Русской Армии и тыла, расстрелы попавших в плен солдат и офицеров 2-го армейского запасного батальона, тыловых частей 52-го Виленского пехотного полка, чинов Одесских пулеметных курсов, служащих Сырецкого госпиталя Красного Креста, Феодосийского армейского эвакуационного пункта, полевого эвакуационного пункта № 16 начались со входом в Феодосию 9-й стрелковой большевистской дивизии под командованием Н. Куйбышева. После того как красные части заняли Феодосию, был сформирован ВРК Феодосийского уезда, занявший помещение городской гостиницы «Астория». Комиссар 9-й большевистской дивизии М. Лисовский и Председатель ВРК некто Жеребин провели первые показательные расстрелы пленных уже в ночь с 16 на 17 ноября 1920 года, на железнодорожном вокзале города, где находился эшелон с ранеными и выздоравливающими чинами 52-го Виленского полка.

Покончив с чинами Русской Армии, красные каратели переключились на обывателей и мирное население. Арестовывались члены семей бывших белогвардейцев, сотрудники гражданских ведомств, средств массовой информации, духовенство. Далее террор распространился просто на представителей дворянства, считавшихся виновными по определению. Истребив дворян, крымские чекисты перешли на организацию облав на людей, носивших приличную одежду, а следовательно, могущих принадлежать к «классу буржуазии».