Но все это будет потом, а пока власть занялась подтачиванием главной духовной основы жизни народа — православной церкви, ее архиерейства и рядовых священнослужителей. Согласно декрету о земле были конфискованы все земли, в том числе и те, что принадлежали монастырям и духовным организациям; 5 февраля 1918 года опубликован декрет об отделении церкви от государства, она лишается всех прав юридического лица, также всего имущества, созданного и собранного поколениями русских людей за века существования церкви. Вместе с этим начинаются преследования духовенства, и в течение первых лет Гражданской войны уничтожается огромное количество священнослужителей по всей стране. Этот мартиролог открывается убийством Священномученика новой эпохи протоиерея о. Иоанна Кочурова, совершенного в первую же неделю после Октябрьского переворота. Далее аресты и убийства духовных лиц следуют уже почти безостановочно, В январе 1918 года в Киеве без суда и следствия убивают митрополита Киевского Владимира, старейшего на то время иерарха Православной церкви. Следом за этим вводятся в практику расстрелы из винтовок и пулеметов крестных ходов и просто прихожан, имевших несчастье оказаться рядом с храмом во время плановой реквизиции церковных ценностей. Это происходит почти ежедневно во многих городах России — Туле и Харькове, Воронеже и в Тамбовской губернии.

29 июня 1918 года большевиками утоплен в реке с камнем на шее епископ Тобольский и Сибирский Гермоген; это же проделывается и с делегацией прихожан, прибывшей в местный Совет просить освобождения архиерея.

24 декабря 1918 года умучены епископы Соликамский Феофан и Пермский Андроник, путем неоднократного опущения в прорубь на морозе, до полного оледенения.

К концу 1919 года в Пермской только епархии, по сведениям «Пермских Епархиальных новостей», было убито 2 епископа, 51 священник, 36 монахов, 5 диаконов и 4 псаломщика. М. В. Назаров приводит сведения, что напротив каждого из погибших указана причина смерти, которая, как правило, повторялась: «утоплен, заколот штыками, забит прикладами, задушен епитрахилью, заморожен, изрублен саблями», хотя чаще всего в этих скорбных списках значилось краткое «расстрелян».

Самарский епископ посажен большевиками на кол, Белгородский епископ Никодим забит железным прутом, после чего местными комиссарами его тело брошено в выгребную яму. Подле нее выставлена охрана из красноармейцев, чтобы не позволить пастве похоронить епископа.

Еще задолго до немецких охранников концлагерей, применивших пытку обливанием холодной водой на морозе советского генерала Д. М. Карбышева, большевики проделали это же с Ревельским епископом Платоном зимой 1918 года, превратив его в ледяной столб. По инициативе местного Совета и губернского комиссара их добровольными помощниками было зарублено топорами (!) 17 православных священников в эстонском Юрьеве (Тарту). Перед убийствами духовных лиц большевики и их пособники обычно глумились над духовенством, отрезали уши, носы, пели непристойные песни и пытались заставить священников плясать под них.

В отдельных случаях убийства священнослужителей принимали изощренный характер, так, например, в Херсонской губернии в 1918 году большевиками было распято три священника.

Вместе с пытками и казнями новой властью развязывается беспрецедентная кампания по поруганию и осквернению бесценных для каждого православного святых мощей. Их изымают из рак и захоронений, уничтожают или свозят в музеи.

Данная участь не миновала и святых мощей Св. Блгв. князя Александра Невского, Преп. Сергия Радонежского, чью голову сохранял втайне от властей один из прихожан Лавры в течение долго времени. Осквернение святынь проводится зачастую в виде шутовских процессов-маскарадов, храмы отдаются под складские нужды, клубы или туалеты, постепенно обрекая их на запустение и разграбление. В Свияжске, где ранее епископ был умучен, будучи привязанным к хвосту лошади, пущенной галопом по улице города, местной властью устанавливается памятник Иуде во весь рост, грозящий небу кулаком.