После этого Мухаммед решил расправиться с евреями. Поводом послужила уличная драка, которая закончилась убийством ее зачинщика — мусульманина и защитника обиженной женщины — еврея. Мухаммед тут же объявил войну всему еврейскому племени Бену-Кейнока. Два других еврейские племени Бену-Надир и Бену-Корейзе не пришли на помощь. Евреи не выдержали осады и заморенные голодом сдались. Им пришлось покинуть Аравию и поселиться в Сирии. Через год то же было сделано и с еврейским племенем Бену-Надиров.

Через год после битвы при Бедре мекканцы были готовы взять реванш за поражение. Вождь корейшитов Абу-Софьян со значительными силами решил наступать на город пророка — Медину. У него было 3000 хорошо вооруженных человек, 3000 верблюдов и 200 коней. Это войско подошло к Медине 24 января 625 года. Силы, которыми располагал Мухаммед, были значительно меньше: 700 человек его дружины и 300 человек тех горожан Медины, которые не приняли ислама, но находились в военном союзе с Мухаммедом. Мухаммед решил не ждать осады города, а вывел свое войско за город навстречу неприятелю. Но ночью отряд в 300 человек покинул Мухаммеда, оставив его один на один с неприятелем. Битва состоялась 26 января. Несмотря на численное превосходство неприятеля, дружина Мухаммеда брала верх. Но завладев обозом, его люди слишком увлеклись дележом добычи и практически свернули бой. Так мекканцы практически победили, оттеснив мусульман в ущелье. Убито было более 70 мусульман, среди них был и дядя Мухаммеда Хамза. Так поражением мусульман закончилась битва, происходящая между Мединой и горой Оход. Мекканцы были довольны — они победили и потеряли убитыми не более 30 человек. Сам Мухаммед так объяснял поражение мусульман в этой битве: «Пока вы меня слушались, успех был на нашей стороне; но когда вы ради низкой корысти нарушили волю Божию и приказания его посланника, справедливое наказание обрушилось на вашу голову, и враги одержали победу. Но Бог милостив и снисходителен; Он простил ваш грех и не допустил вас до конечной погибели». С такими словами Мухаммед обратился к своей дружине.

Несмотря на победу под Мединой, мекканцы решили окончательно разделаться с Мухаммедом. Для этого они консолидировали все враждебные исламу элементы Аравии. Это были и арабские племена, проживающие в окрестностях Мекки, и три больших племени центральной Аравии, и еврейская колония Хейбор, куда переселились изгнанные из Медины Мухаммедом евреи (Бену-Надиры). Главнокомандующим был все тот же лютый враг Мухаммеда Абу-Софьян.

Мухаммед не располагал силами, достаточными для сдерживания такого войска, а тем более для победы над ним. Он должен был обороняться. Опытный перс Салман посоветовал Мухаммеду окружить Медину окопами. Для арабов это было новшеством, причем очень неприятным, поскольку у осаждающего неприятеля было много боевых верблюдов, которые преодолеть окопы не могли. Эта война вошла в историю как окопная. Неприятель осаждал обнесенный окопами город три недели. Но не ожидая, что осада так затянется и поэтому не имея достаточного запаса продовольствия, противник снял осаду, и город пророка был спасен. В это время в городе еще оставалось одно из трех племен евреев. Мухаммед узнал, что они вели переговоры с неприятелем, и под этим предлогом расправился с ними. Все взрослые мужчины-евреи были приговорены к смерти, а их жены и дети к рабству.

Проблема Мекки оставалась неразрешенной. Там был главный религиозный центр, к которому Мухаммед не имел доступа. Там, наконец, были его враги, преследовавшие его все годы его проповедничества. Весной 628 года Мухаммед с дружиной в полторы тысячи человек выступил из Медины и двинулся на Мекку. В это время был месяц священного мира, когда по традиции война не велась, а активизировалась торговля.