Занятно, что историки точно сговорились не замечать колебания Василия Шуйского в выборе нового патриарха. Мало того, что новый царь был избран на престол «одной Москвой» 19 мая 1606 года, через два дня после клятвопреступного свержения Лжедмитрия I и массовых убийств. Шуйский нарушил традицию, по которой главную роль в царском избрании должен был играть патриарх. Игнатий был низложен, время шло, а патриарший престол оставался пустым — даже царское венчание Василия 1 июня совершал митрополит Новгородский Исидор! Такого не позволял себе даже Лжедмитрий, венчавшийся лишь после законного поставления патриарха.

Учитывая, сколь непрочно было положение Шуйского, «выбор» которого на царство вызвал возмущение по всей стране и ропот при дворе, оскорбленном наглым покушением на престол этого выскочки, промедление с поставлением патриарха должно иметь серьезные основания. При царском венчании Шуйскому пришлось клясться и божиться судить праведно (все знали его как криводушного судью), никому не мстить, за грехи одного не преследовать родичей и, «не осудя с боярами», не выносить смертных приговоров.

Промедление Шуйского тем более загадочно, что с первых дней царствования ему пришлось развернуть мощную пропаганду своей власти как спасителя России от злого самозванца и еретика Гришки Отрепьева. Грамота за грамотой летали по стране — не подкрепленные авторитетом патриарха. Вырытые из заброшенной могилы в Угличе мощи несчастного царевича Димитрия, которого сам же Шуйский несколько лет назад назвал самоубийцей, были торжественно доставлены в Москву и выставлены в Архангельском соборе как чудотворные, Димитрий причислен к лику святых — все без патриарха!

Происходящее было настолько необъяснимо, что автор «Нового летописца» описал возведение Гермогена на патриарший престол перед рассказом о перенесении мощей Димитрия, которые Шуйский якобы встречал под Москвой уже вместе с патриархом. Но мощи были встречены 3 июня, через два дня после коронации Василия, грамота о явлении и чудесах от мощей стала рассылаться 6 июня, а Гермоген, согласно чину его поставления, стал патриархом только через месяц, 3 июля.

По общему мнению, задержка была вызвана тем, что Шуйский хотел видеть на патриаршем престоле исключительно Гермогена (и потому пошел на столь опасные для него нарушения?), а тому требовалось много времени, чтобы прибыть из Казани. Но, во-первых, нет убедительных сведений, что казанский митрополит находился именно в своей епархии, во-вторых, кому же тогда принадлежит речь при царском венчании Василия 1 июня, еще в 1848 году изданная А. Галаховым как речь Гермогена ?

Исследователи, не говоря уже об эпигонах, предпочли обойти вниманием эту речь. Признание произнесения ее Гермогеном означало бы, что ему не пришлось совершать долгий путь из Казани в столицу, но он по каким-то причинам уклонился и от участия в московском кровопролитии, и от открытия мощей то ли убитого, то ли самоубившегося сына Ивана Грозного, то ли безвестного мальчика, чья смерть прикрывала чудесное спасение истинного царевича.

Можно понять, что бесчестному Шуйскому нужен был для «утишения» государства незапятнанный и энергичный архипастырь, а положение Церкви было столь плачевно, что выбирать было почти что не из кого. Но почему царь Василий думал, что после его венчания Гермоген станет более сговорчивым, почему оставил свои сомнения и решился на его патриаршее поставление? Это очевидно.

Даже критичный Костомаров, утверждавший, что Гермоген был удобен Шуйскому постольку, поскольку «отличался в противоположность прежнему патриарху фанатическою ненавистью ко всему иноверному», признавал, что «для Гермогена существовало одно — святость религиозной формы» .