Эти-то пакостники покушаются на Москву, призывая голытьбу, холопов и всяких злодеев «на убиение и грабеж»! Города, которые им покорились, — «того ж часу пограблены, и жены и девы осквернены, и всякое зло над ними совершилось». Там же, где «воров и хищников не устрашились», — все цело и сохранно. Призывая всех добрых людей стоять за «воистину свята и праведна истиннаго хрестьянского» царя Василия, патриарх уповает и на верность присяге, и на растущую силу царской рати, и на изрядное число беглецов из стана повстанцев, и на победы московского оружия, дающие, как он не преминул указать, немалые «корысти» воинам.

Грамоты Гермогена сыграли свою роль: Москва устояла, силы уравновесились, затем чаша весов качнулась в пользу Шуйского. 2 декабря в жестоком встречном сражении при Котлах Болотников был разбит войском И. И. Шуйского и М. В. Скопина-Шуйского, части его армии были окружены и уничтожены в Коломенском и Заборье, предводитель с остатками воинов отступил в Калугу. Нет сомнения, что патриарх настаивал на энергичном преследовании Болотникова и скорейшем завершении войны; Шуйский, по обыкновению, колебался и трусил.

Между патриархом и царем обнаруживаются и другие серьезные расхождения, прежде всего в отношении к иноземцам и иноверцам. Многочисленные царские грамоты обвиняли поляков и злоковарных иезуитов как организаторов воцарения Лжедмитрия I с целью уничтожения Российского государства и всего православия. Гермоген лишь бегло упоминает, что Лжедмитрий хотел разрушить церкви и монастыри, «разорить» «православную и Богом любимую нашу хрестьянскую веру» и «римские костелы в наших церквах поделати». Но иноземцы здесь ни при чем!

«Литовских людей» (как называли в XVII веке подданных Речи Посполитой), по словам патриарха, Лжедмитрий прельстил «злым своим чернокнижием» точно так же, как и русских. Никаких злых замыслов из-за границы Гермоген не упоминает, что же касается многочисленных иноверцев внутри страны, то все они — «немцы, и литва, и татары, и черемисы, и ногаи, и чуваши, и остяки, и многие неверные языцы и дальние государства, которые в его царской державе, — каждый по своей вере все утвердились твердо» служить царю Василию. Никого из них, даже самых распроклятых «латинян», среди болотниковцев не отмечено .

Гермоген прекрасно знал, что народы Поволжья волнуются не меньше, чем остальное население, что войском холопов, крестьян и мордвы, осадившим Нижний Новгород, предводительствуют два мордвина, Москов и Вокорлин. 22 декабря 1606 года он с отличным знанием обстановки хвалил митрополита Казанского и Свияжского Ефрема за утишение восстания в самом Свияжске — однако вновь не упомянул даже малейшей вины иноверцев.

«Доблестный пастырь» Ефрем заслужил одобрение Гермогена, отважно отлучив от Церкви дворян и горожан, преступивших крестное целование Шуйскому и заставив их (правда, только после поражения Болотникова под Москвой) просить царя о прощении. Речь идет исключительно о православных, включая священников, которые «сами от милости Божией уклонились и верят прелести вражией».

Отпуская всем грехи и снимая отлучение, Гермоген требует и дальше наставлять паству, «чтобы в пагубу не уклонялися», притом «смотреть и над попы накрепко, чтобы в них воровства (государственной измены) не было», особенно над попами Софийского, Покровского и Ирининского храмов: «…только де они не переменят своих обычаев — и им в попах не быть!»

Жители Свияжска были прощены по просьбе Гермогена, однако и в этой, как и в предыдущих грамотах, он подчеркивает милосердие царя Василия — еще один пункт глубоких расхождений с царем.