Трусливый в трудные времена, Шуйский был особенно кровожаден и вероломен при признаках успеха. Между тем Гермоген, хваливший Ефрема за крутые меры, сам еще не отлучил болотниковцев от Церкви. С чего бы это? Ведь восставшие — дьявольское отродье и сатанинские ученики! Но за реальную их вину — нарушение крестного целования Шуйскому — Гермоген по справедливости не мог осудить, когда все население страны (включая царя Василия) нарушило присягу Борису Годунову, его сыну Федору и Лжедмитрию. Еще вопрос, кто, собственно, был большим клятвопреступником?

Имелась в виду церковная вина, и здесь даже разграбление церквей Гермоген не мог инкриминировать болотниковцам, ибо описанные им в грамоте безобразия на Рязанщине совершали люди Ляпунова и Сунбулова, ныне благополучно служившие в царском «христолюбивом воинстве». К тому же главный церковный грабитель сидел в Кремле. Богомольный старичок Шуйский крайне нуждался в деньгах — его воинство в отличие от повстанцев по большей части служило не за идеи, а за наличные.

Легко предположить, что не на нищих и раненых растранжирил Гермоген всю патриаршую казну, если царь раз за разом брал огромные безвозвратные займы у монастырей, включая знаменитые Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев (так что келарь последнего Авраамий Палицын писал «о последнем грабежу в монастыре от царя Василия»), и безжалостно переплавлял конфискованную у церквей и монастырей драгоценную утварь, которую вскоре «блуднически изжил» (по словам дьяка Ивана Тимофеева) .

Разумеется, патриарх давал из своей казны добровольно; видимо, он не жалел и церковно-монастырского имущества для скорейшего прекращения кровопролития. Но оно все тянулось: Болотников укрепился в Калуге, многие города и уезды продолжали бунтовать, Шуйский вновь впал в нерешительность. Гермогену оставалось использовать церковные средства давления на восставших.

Со 2 февраля 1607 года патриарх с Освященным Собором тщательно готовился к невиданному мероприятию — разрешению русского народа от клятвопреступлений перед прежними государями: царем Борисом и его семьей (царевичем Федором, царицей Марией и царевной Ксенией), на верность которой присягали дважды (при воцарении Бориса и после его смерти), — а также от нынешних клятвопреступлений и клятв самозванцам.

Тонко продуманная затея позволяла убить двух зайцев: освободиться от прошлого (царевна Ксения была еще жива и томилась в монастыре, куда ее заключил Лжедмитрий) и получить возможность канонично отлучать от Церкви будущих нарушителей присяги Шуйскому. Главную роль в церемонии должен был сыграть низвергнутый патриарх Иов, которого Гермоген в письме, посланном с крутицким митрополитом Пафнутием, коленопреклоненно молил «учинить подвиг» и прибыть в Москву «для его государева и земского великого дела».

20 февраля москвичи, собранные двумя «памятями» Гермогена к Успенскому собору, по заранее составленному, обсужденному архиереями и утвержденному царем сценарию стали от имени «всенародного множества» молить Иова «всего мира о прегрешении». Старый, а затем старый и новый патриархи простили старые и новые клятвопреступления, причем Иов не упустил случая выразить собственное отношение к роли иноверцев в событиях.

Если Гермоген винил Лжедмитрия, который «как в простой храм» ввел в соборную церковь «многих вер еретиков» и венчал там невесту-лютеранку (так!), то Иов, почти точно повторяя его грамоту, писал, что расстрига «разных вер злодейственным воинством своим, лютеранами, и жидами, и прочими оскверненными языки многие христианские церкви осквернил»! Дело не в евреях, которые были уж точно ни при чем (но упоминание которых служит лакмусовой бумажкой в национальном вопросе), главное, что Лжедмитрий изображен, как писали прежде и как утверждал Шуйский, ставленником иноверного воинства.