За пятнадцать с лишним лет своего патриаршества Иов совершил удивительно мало чисто церковных дел. Да и те имели, как правило, заметный политический крен. Летом 1588 года он соборно определил праздновать в память новоявленного чудотворца Василия Блаженного — юродивого, которому особо покровительствовал Иоанн Грозный. Осенью 1591 года был соборно установлен праздник памяти преподобного Иосифа Волоцкого — крупнейшего идеолога церковного стяжательства и государственной Церкви, врага инакомыслящих. Патриарх написал к этому дню — 9 сентября — канон и исправил службу. Хотя каждому из трех святителей московских — Петру, Алексею и Ионе — были установлены особые празднества, в 1595 году Иов решил, кроме того, поминать их всех вместе 5 октября: митрополиты создавали как бы фундамент власти московского патриарха.

Канонизация других святых производилась под явственным давлением «снизу». Энергичный казанский митрополит Гермоген «обрел» мощи казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия, затем князя Романа Владимировича Углицкого и добился их всероссийской канонизации в 1595 году. Затем были установлены праздники святым, мощи которых открывали предприимчивые местные власти: Антонию Римлянину (1597 год); преподобному Корнилию Комельскому (1600 год).

При Иове и с его разрешения (впрочем, прежде разрешение было дано от царского имени) были перенесены в Соловецкий монастырь останки беззаконно убитого Иваном Грозным митрополита Московского и всея Руси Филиппа (1591 год). Соловчане и иные жители Русского Севера, избежавшие его участи, праздновали память святого 9 января. Однако патриарх и не подумал о всероссийском увековечении памяти человека, абсолютно чуждого ему по духу: человека, гражданина и созидателя. Иов был создан для «аппаратных» игр.

Услуги Иова понадобились правительству вскоре после его поставления. После того как кахетинский царь Александр, утесняемый сонмами турок и персов, умолил царя Федора Иоанновича принять его в подданство Российской державы, он в октябре 1588 года попросил также помощи Москвы «для исправления православныя христианския веры». Отказать только что принятому в подданство государю было невозможно. Правительство обратилось к патриарху, и тот написал два обширных и весьма ученых послания.

Обращаясь к царю Александру, Иов изложил ему символ веры, убеждая твердо его держаться, биться против ересей и еретиков, почитать родителей, а более них — духовных учителей. Значительно обширнее было второе послание Иова, адресованное кахетинскому митрополиту Николаю и всему Освященному Собору. Московский патриарх благословлял в нем всех адресатов и уведомлял об исполнении их просьбы: посылке из России четырех учителей богословия и трех иконописцев. Послание состояло из 6 частей, введения и заключения. «Знаем вас изначала, — писал Иов, — Божиею благодатию христианами, но не ведаем, откуда возникли у вас соблазны, так что ныне вы не во всем вполне держите христианскую веру и в немногом разделяетесь от нас. Внимайте же прилежно, в чем состоит истинная благочестивая православная вера».

Послание патриарха свидетельствует о его обширных познаниях в церковноучительной литературе. Он большими отрывками цитировал «Изборник» митрополита Даниила, слово болгарского пресвитера Козьмы на богомилов и т. п. Обличив еретиков, Иов обрушился на протестантов, латинян и магометан, подчеркнул значение Церкви и церковных иерархов. По его мнению, «два великия начала от Бога установлены в мире: священство и царство», причем духовная власть и церковные имущества принадлежат исключительно архиереям, а мирская власть — царям. Бог запрещает кому бы то ни было посягать на церковное достояние и вмешиваться в священные предметы. С другой стороны, каноны запрещают пользоваться покровительством мирских властей для достижения степеней священства.

Послания в Грузию были написаны в апреле 1589 года, то есть именно тогда, когда Иов только что достиг степени патриарха волей и стараниями светской власти! Разделения властей, о котором писал Иов, отнюдь не наблюдалось на Руси, где тоже хватало церковных «нестроений».