Послания в Грузию были написаны в апреле 1589 года, то есть именно тогда, когда Иов только что достиг степени патриарха волей и стараниями светской власти! Разделения властей, о котором писал Иов, отнюдь не наблюдалось на Руси, где тоже хватало церковных «нестроений». Выяснилось, например, что поповские старосты и десятские, поставленные сорок лет назад Стоглавым Собором по городам и в самой Москве для надзора за низшим духовенством, совершенно бездействуют.

Понадобился, однако, указ от царского имени, чтобы Иов собрал Освященный Собор 13 июня 1592 года. Собор вновь учредил в столице восемь поповских старост и дал каждому в помощь по четыре десятских дьякона (каждый из которых должен был следить за десятью священниками). Надзиратели должны были ежедневно собираться в особой избе у храма Покрова Богородицы на Рву, а об обнаруженных «неисправностях» доносить патриарху.

Прежде всего старосты и десятские обязаны были наблюдать, чтобы в церквах ежедневно возносились молитвы за государя, его семейство и воинство, чтобы отмечались царские дни и не пропускались панихиды по умершим государям. Затем надзиратели должны были собирать священников на торжественные молебны в Успенском соборе и патриаршие крестные ходы и не позволять им расходиться раньше времени.

Наказ поповским старостам свидетельствует о многочисленных безобразиях, имевших место в церковнослужении в самой столице. Попы и дьяконы пьянствовали, уклонялись от церковной службы и даже от патриарших мероприятий, нанимали вместо себя пришлых священников, толпами наполнявших Москву. Судя по тому, что решение Освященного Собора о поповских старостах касалось только столицы, Иов не надеялся исправить положение в других городах.

Но и в Москве его начинание не принесло успеха. Ни сами поповские старосты и десятские, ни приставленные к ним для надзора четыре протопопа не выполняли своих обязанностей. Десять лет спустя, 1 октября 1604 года, патриарший тиун вынужден был доложить Иову, что старосты и десятские в избу не ходят, попов и дьяконов от бесчинств не унимают, что безместные священнослужители чинят всякие безобразия, дерутся, ругаются и играют в азартные игры — и тут же нанимаются служить без всяких разрешений. Иов вновь собрал старост и десятских и выдал им новый наказ, по-видимому столь же бесполезный, ибо выполнения его патриарх не контролировал.

Неудивительно, что митрополит Гермоген, энергично проводивший христианизацию своей епархии, обратился за помощью не к Иову, а к царю. Что бы ни говорил патриарх о невмешательстве светских властей в духовные дела, он предоставил решать поднятый Гермогеном вопрос не духовенству, а воеводам, получившим царский указ собрать всех мусульман, принявших для виду христианство, но живущих по своим старым обычаям, в Казань, поселить их в особой слободе с церковью и заставить жить по-христиански под угрозой темниц и оков. Отстроенные было мечети приказывалось ликвидировать, всех православных, нанявшихся к мусульманам, католикам и протестантам, отобрать и расселить между русскими (указ 18 июля 1593 год).

Сходно царская администрация заботилась о строительстве православных храмов в Сибири, направляя туда священников, иконы, книги, колокола и церковную утварь. Вся обширная работа велась по царским указам и от царского, а не патриаршего имени. После отвоевания у шведов Карелии (1591 год) патриарх Иов встретил вернувшегося из похода царя Федора Иоанновича торжественной речью, уподобляя государя императору Константину и великому князю Владимиру за очищение земли от языческих капищ и установление православия. Лишь в 1598 году, когда усилиями царской администрации на карельских землях было водворено православное церковнослужение, патриарх Иов учредил здесь епископию.

Чем же, помимо службы в Успенском соборе и личных аскетических подвигов, был занят такими трудами возведенный на патриаршество Иов? Тем, для чего и предназначал его Борис Федорович Годунов.