Между тем, согласно обоим нашим источникам, митрополит Дионисий не принимает никакого участия в решении вопроса об учреждении Московской патриархии. Согласно сказанию, царь советуется в таком важном вопросе не с митрополитом, а с супругой, замысел обсуждается боярами в отсутствие Дионисия. И не духовные лица, а Борис Годунов ведет переговоры с Иоакимом. При этом все участники обсуждения настойчиво подчеркивают необходимость перенести окончательное решение вопроса на будущее, когда устройство патриаршего престола в Москве получит одобрение православного Востока.

Через два года, когда Дионисия уже не будет на митрополии, об этой необходимости (по крайней мере, в официальных кругах) никто и не вспомнит. Первого патриарха Московского и всея Руси благословит один-единственный восточный патриарх. А в 1586 году события идут мимо Дионисия и явно не в его пользу, да и сам митрополит Московский отнюдь не проявляет стремления получить благословение от заезжего грека, с которым ведет переговоры лично Борис Федорович Годунов.

2. Дворцовая смута

Подоплеку этих странных событий понять несложно. Именно в это время происходит ожесточенная борьба за власть, замечательно показанная А. К. Толстым в драме «Царь Федор Иоаннович». Противостоящий Годуновым могущественный клан Шуйских при поддержке митрополита Дионисия и епископа Крутицкого Варлаама, а также верхов московского посада обращается к царю Федору Иоанновичу с челобитьем о разводе с бездетной царицей Ириной и новом браке «чадородия ради».

Речь идет о продолжении династии Рюриковичей, но вместе с тем и о власти Бориса Годунова во дворце. Прецедент был: еще живы свидетели развода великого князя Василия III с бездетной Соломонией Сабуровой, состоявшей в родстве с Годуновыми. Разумеется, хитроумный потомок ордынского мурзы, выросший при дворе кровожадного и подозрительного царя, опричник Годунов основывал свое влияние не только на власти сестры Ирины над слабовольным и слабоумным царем Федором Иоанновичем. Царский шурин уже успел присвоить себе ликвидированное некогда Грозным звание конюшего боярина — старшего в Думе. Из 13 человек, пожалованных новым царем в бояре, 8 принадлежали к годуновской группировке. За Бориса были и сохранившиеся кадры сформированного в опричнине дворцового аппарата. Нельзя сбрасывать со счетов и невероятную изворотливость этого человека, сумевшего выжить среди резни и пробиться наверх, оставаясь в тени, а также его умение находить неожиданных союзников. Но и аристократы Шуйские имели мощную позицию в Думе, а главное — могли использовать глубочайшую ненависть народа к наследию опричнины.

После того как 23 апреля 1586 года скончался наиболее влиятельный в правительстве и популярный в народе земский боярин Никита Романович Юрьев, смертельная схватка между Годуновыми и Шуйскими стала неизбежной. Нанося удар по царице Ирине Федоровне, бояре, митрополит и их союзники были готовы на все, чтобы одновременно устранить от власти и царского шурина, и его родственников.

Дворцовые покои сохранили в тайне обстоятельства того, как Годунов с сестрой и сторонниками отражали натиск Шуйских и Дионисия с их духовными и светскими товарищами на царя Федора Иоанновича. Известно, что острый конфликт возник уже в начале мая. Около 14 мая борьба выплеснулась на московские улицы. Горожане во главе с богатейшими купцами — гостями — буквально осадили Кремль, требуя развода государя с женой. Исход этого народного возмущения хорошо известен.

Бояре, возможно не без участия митрополита Дионисия, неожиданно помирились. Герой псковской обороны Иван Петрович Шуйский сам вышел в Грановитую палату, где ожидали ответа на свое челобитье «торговые многие люди», объявил об отсутствии гнева на Годунова и предложил народу разойтись. Тогда, по словам «Нового летописца», двое из купцов с горечью заявили:

«Помирилися вы есте нашими головами, а вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть, да и нам погинуть».