Несмотря на наступление католической реакции, православное духовенство Речи Посполитой обладало значительным влиянием. Иов утвердил на Освященном Соборе и скрепил печатями грамоту к духовенству Польши и Литвы, увещевающую воспрепятствовать готовящемуся кровопролитию. Патриарший гонец Андрей Бунаков был перехвачен на границе в Орше. В августе 1604 года Лжедмитрий выступил в поход, а в октябре его маленький отряд пересек границу и скрылся в лесах.

Авантюрист должен был быть раздавлен со своим смехотворным войском, но как маленький камушек вызывает всесокрушающую лавину, так тень царевича Дмитрия, разрастаясь с неимоверной скоростью в ядовитом тумане гражданского раздора, покрывала пространства России огнем и кровью братоубийственной войны, накатываясь на Москву.

Больной, изможденный царь Борис Федорович, распаленный своим бессилием в борьбе с тенью царевича, то в неистовстве обрушивался на окружающих, обвиняя всех в предательстве, то впадал в бесовские сношения с чернокнижниками. Он заставлял патриарха Иова и Василия Ивановича Шуйского, которые когда-то помогли ему унять шум вокруг смерти царевича Дмитрия, еще и еще раз выступать перед московским народом с уверениями, что царевич действительно мертв.

Иов и Шуйский, как скоморохи, должны были разыгрывать сцену, где один описывал, как погребал маленького Дмитрия, а другой живописал свою промашку с Григорием Отрепьевым. Не раз в толпе слышались слова: «Говорят они то поневоле, боясь царя Бориса, а Борису нечего другого говорить — если этого ему не говорить, так надобно царство оставить и о животе своем промышлять!»

Когда-то Иов утверждал, что глас народа — глас Божий. Он осмелился инсценировать этот Божий глас и твердил, что династия Рюриковичей кончилась. Теперь истинный глас народа утверждал противное, но патриарх не сдавался. В январе 1605 года по стране стали расползаться списки его богомольной грамоты, дававшей новый поворот идейному спору сражающихся сторон.

Иов по-прежнему доказывал, что царевич Дмитрий Иванович мертв и не воскреснет, что выдаваемый за него человек — самозванец, пригретый им, патриархом, и бежавший за границу монах Григорий Отрепьев, вор-расстрига, подкреплял эту версию свидетельствами. Но главное было не в этом. С первых же слов грамота объявляла поход Лжедмитрия нашествием врагов-иноплеменников и иноверцев на Российское православное государство, провозглашала войну за независимость, войну за веру.

Богомольная грамота патриарха не заглушила глас народа, признавшего Лжедмитрия чудом спасшимся законным наследником московского престола, не остановила победного шествия самозванца. Идеи Иова приобрели мощное звучание позже, когда ненависть к иноземцам и иноверцам вплелась в социальную и политическую борьбу внутри страны, придавая гражданской войне еще более страшный и кровавый облик и создавая в сознании россиян прочный образ врага.

Грамота патриарха Иова была талантливым, мастерски написанным публицистическим сочинением. Тем тяжелее был грех архипастыря, зовущего к крови и влекущего паству на бойню, заточающего детей духовных в темницу параноидальных страхов. Оправданием Иову служит лишь его вера в Годуновых, власть которых должна была смирить россиян.

После смерти Бориса именно Иов энергично провел в Москве присягу юному царевичу Федору Борисовичу , организовал раздачу населению громадных казенных денег на помин души Годунова; Боярская дума и Освященный Собор под его руководством приняли указ о всеобщей амнистии; ссыльные и опальные были возвращены в столицу и ко двору; укреплялся Кремль.