С середины XIX века гипотеза Всемирных потопов стала все чаще вступать в противоречие с новыми фактами. Выяснилось, что быстрота прошлых геологических процессов мнимая. Ископаемые остатки, резко различные в двух сменных пластах, принадлежат геологическим эпохам, отстоящим порой на десятки миллионов лет одна от другой.

Как только геологам открылась бездна миллиардов лет геологической истории, представилась возможность вовсе обойтись без катастроф. Валуны, рассыпанные на равнинах Европы и Северной Америки, если и имели отношение к потопу, то не к «водяному», а ледяному. За последние миллионы лет потоки льда с Альп, Скандинавии, Кордильер вторгались на равнины, оставляя визитными карточками своих посещений ледниковые осадки и валуны.

Широко распространенные в степных зонах пылеватые и не очень прочные породы — лессы — заманчиво было объяснять осаждением ила и мути Всемирного потопа. Однако и от этого объяснения пришлось отказаться. Лессы стали даже свидетельствовать против потопа: образование их, по мнению многих ученых, проходило при воздействии ветра и растений в достаточно сухом климате.

Никаких геологических доказательств Всемирного потопа (тем более происшедшего на памяти людей) ученые не могли обнаружить. Для поисков остатков Ноева ковчега отправлялись экспедиции к горе Арарат. Были даже сообщения о том, что ковчег обнаружен, а в армянском монастыре в Эчмиадзине хранятся его обломки. Однако и эти утверждения не удалось подкрепить фактами. Действительность оказалась сложнее и многообразнее, чем предполагалось. Под тяжестью многочисленных фактов стройное знание нептунизма рухнуло, похоронив в своих обломках миф о потопе.

Освобождение научной мысли от гнета религиозных догм заставило пересмотреть многие идеи. «Горячие споры людей воды и огня затихли, — писал Ч. Лайель, — геологи, вместо того чтобы нападать друг на друга с ожесточением соперничающих школ и партий, в течение тридцати лет занимались приискиванием, собиранием, исследованием и накоплением фактов и материалов для прочного здания своей науки». Между прочим, именно Ч. Лайель постарался совсем избавить геологию от идей о катастрофах. Он заявил: «Геология есть наука, рассматривающая постепенные изменения, происходившие в органическом и неорганическом царствах природы…»

Гипотеза Всемирного потопа свела воедино идеи о катастрофах на Земле и об особо важной роли воды (нептунизм). Так уж случилось, что в конце XIX и начале XX века именно эти две идеи подверглись жестокой критике. Однако уничтожить бесплотные идеи не так-то просто.

Известны невообразимо мощные взрывы звезд и ядер галактик. Мы знаем о местных, земных катастрофах (в общем-то, ничтожных в масштабах космоса): взрывах вулканов, землетрясениях, необычайных наводнениях. В истории Земли бывали эпохи повышенной активности катастрофических процессов. И были, напротив, спокойные, без особых отклонений от «средней нормы». Логика как будто подсказывает, что между космическими катастрофами и мелкими «местными» имеются катастрофы промежуточного масштаба, охватывающие всю планету, отдельные ее части.

В.И. Вернадский так высказывался о нептунизме и плутонизме: «Жизнь для нептунистов была огромная сила, а не случайное явление в истории планеты. Другие — плутонисты — не придавали никакого серьезного значения силам и явлениям земной поверхности».

Важнейшее значение воды в различных геологических процессах не вызывает сомнений. Внешние силы планеты, в первую очередь космические, солнечные, которые приводят в движение внешние оболочки планеты, в частности гидросферу и атмосферу, превосходят по масштабу внутренние силы планеты. Почти все, что доступно геологическим исследованиям, так или иначе связано с процессами, протекающими близ поверхности Земли. Недаром В.И. Вернадский называл всю земную кору, мощность которой достигает семидесяти километров, областью былых биосфер.