Много позже москвичи станут перебирать все дурные предзнаменования, которыми сопровождался приезд в Московское государство византийской царевны.

Торжественный въезд в Москву не состоялся. Иван III Грозный готов был принять поезд во главе с легатом. Митрополит Филипп воспротивился: «Если же сделаешь так, чтобы ему честь оказать, то он в одни врата войдет, а я, отец твой, другими вратами из града выйду…» Началась ожесточенная торговля с послами, которые не хотели уступать. Все было решено вмешательством царевны Софьи. Это она распорядилась спрятать «кшиж» и выполнить все требования князя. Чего стоили все данные Римскому Папе обещания перед лицом возможности потерять престол! Лишиться всех тех почестей, к которым уже успела привыкнуть! Превратиться опять в почти нищую, никому не нужную приживалку при папском дворе!

Загорелось в Москве, на Посаде, у церкви Воскресения, что на Рву, и горело всю ночь и на следующий день до обеда, и многое множество сгорело, одних церквей сгорело 25. А распространялся огонь от того места по берегу до церкви Воздвижения на Востром конце, и до Васильевского луга, и до Кулишек; а вверх от церкви Воскресения на Рву до церкви Вознесения, что на Рву, и до яра, и до каменной церкви Богоявления, и до церкви Воскресения на Дмитровской улице, а оттуда — до Евпатия святого, на Кушках же. Была же тогда и буря весьма сильная, огонь распространялся за восемь дворов и более, а с церквей и домов крыши срывало. Была же тогда великая истома и внутри Кремля, но… дул ветер со стороны города, и так спасся Кремль. Великий князь сам был тогда в городе и много потрудился во многих местах, бегая со многими детьми боярскими, туша пожар и разметая горящие бревна.

Ко времени приезда царевниного поезда в Москву, 12 ноября, город еще не успел отстроиться. Сплошное пепелище едва-едва прикрыл первый снег. А внутри Успенского собора, среди не отстроенных стен была наскоро сооружена деревянная часовня, где предстояло венчаться великокняжеской чете. Софья отказывается от отдыха. Превозмогает усталость от многомесячной дороги. Она согласна, она хочет венчаться немедленно. В день приезда. Великий князь не возражает. Молодых венчают сразу после обедни. А предзнаменования — что ж, они продолжались. В начале апреля, на 5-й неделе Великого поста, как скорбно повествует летописец, новый страшный пожар охватывает теперь уже Кремль. Вместе с многими дворами горят церкви, кровля кремлевских стен и сами укрепления. Погибают в огне Житный двор со всеми припасами и Патриарший двор. На следующий день уходит из жизни митрополит Филипп. Ему сооружают гробницу в недостроенном Успенском соборе, о завершении которого он молит перед смертью великого князя. Хоронили митрополита 7 апреля. А 20 мая рухнул Успенский собор. Обрушилась северная стена и своды — «грехов ради наших», как напишет летописец.

По мнению строителей, все дело было в неправильно разведенной извести: она оказалась «неклеевитой». Верно и то, что в роковую для собора ночь случилось землетрясение — «трус в граде Москве», отчего «храмы все потряслись, и даже земля заколебалась». От трехлетней работы не осталось и следа. Пострадала и великокняжеская «венчальная» церковь. Правда, все ограничилось разбитым верхом. Вся утварь сохранилась, но на это никто не обратил внимания. Главным для всех был собор.

Ради него великий князь посылает своего посла Семена Толбузина в Венецию, чтобы найти «лучшего мастера церковного». Отношения с Венецией и Миланом поддерживались самые оживленные.