При царе Алексее, вековое равновесие между царской и церковной властью нарушается.

Одно время современники считали власть Никона фактически большей, чем власть царя. С. Платонов справедливо заявляет, что ежели бы Никон не был Патриархом, его можно бы считать временщиком, и действительно власть Никона держалась не на законе, не на обычае, а только на личном расположении царя к Никону. В Служебнике 1655 года Никоном было помещено, например, следующее:

«…Да даст же Господь им Государям (т. е. Царю Алексею Михайловичу и Патриарху Никону. — Б. Б.)… желание сердец их; да возрадуются все живущие под державою их…» «Таким образом, — замечает С. Платонов, — Никон свое правление называл державою и свою власть равнял открыто с Государевою».

Как относился в это время к властному, честолюбивому Никону Царь Алексей, показывает следующий факт: к Царю в Саввином монастыре во время его посещения обратился однажды дьякон Мирского Митрополита, которого Никон запретил в священнослужении. Дьякон просил Царя позволить ему служить литургию в предстоящее воскресенье, но Царь, конечно, отказал: «Я боюсь Патриарха Никона, а ну как отдаст мне свой посох и скажет: возьми его и сам паси монахов и священников. Я не вмешиваюсь и не противоречу тебе, когда ты повелеваешь своими генералами и воеводами, зачем же ты мешаешь мне управлять священниками и монахами?» Один из бывших друзей Никона говорил ему:

«Какая тебе честь, владыко святый, что всякому ты страшен. Государеви цареви власти уже не слыхать, от тебя всем страх и твои посланники пуще царских всем страшны!» Никон слишком преувеличил размеры власти Патриарха. «По его понятию власть Патриарха чрезвычайно высока, она даже выше верховной власти светской: Никон требовал полного невмешательства светской власти в духовные дела и вместе с тем оставлял за Патриархом право на широкое участие и влияние в политических делах; в сфере же церковного управления Никон считал себя единым и полновластным владыкой. С подчиненным ему духовенством он обращался сурово, держался гордо и недоступно, словом, был настоящим деспотом в управлении клиром и паствой. Он был скор на тяжелые наказания, легко произносил проклятия на провинившихся и вообще не останавливался перед крутыми мерами». По энергии характера и по стремлении к власти Никона Платонов сравнивает с властолюбивым папою Григорием VII Гильдебрантом.

Когда в 1653 году была переиздана так называемая «Кормчая Книга», то Никон между прочим прибавил подложную грамоту Константина Великого (Donatino Konstantini), которою папы старались оправдать свою светскую власть. «Подобная прибавка, — пишет С. Платонов, — была сделана Никоном, конечно, в видах большего возвышения патриаршей власти». Тут не лишне вспомнить, что Симеоном Полоцким, после смерти Царя Алексея, при его сыне Феодоре, был составлен проект «извлечь Никона из ссылки на далеком севере и поставить его папой над 4-мя русскими Патриархами».

Ю. Ф. Самарин пишет в книге «Феофан Прокопович и Стефан Яворский»: «Из всех дел и слов Никоновых, до нас дошедших, усматривается его двойственное стремление: отрешить безусловно церковные владения, управление ими и судопроизводство в них от всякой подчиненности верховной власти, изолировать их в государстве, другими словами, гражданские права духовенства, как сословия, вознести на степень существенных прав самой Церкви, и в то же время в области Церкви всю власть сосредоточить в своих руках, водворить монархическое начало: эти две цели клонились к одной главной: возвести Церковь на степень самостоятельного государства в государстве. Поэтому все предшествующие учреждения (которыми Цари ввели управление церковными имениями в состав общего государственного управления, подчинив его своему надзору, нисколько, впрочем его не стесняя, Монастырский Приказ и пр.