Нельзя не отметить также, что Никон был главным виновником прекращения работы Земских Соборов в царствование Алексея Михайловича. «Не сомневаемся, — заявляет С. Платонов, — что главным виновником перемены правительственного взгляда на соборы был патриарх Никон. Присутствуя на соборе 1648 года в сане архимандрита, он сам видел знаменитый собор; много позднее он выразил свое отрицательное к нему отношение в очень резкой записке. Во второй половине 1652 года стал Никон патриархом. В это время малороссийский вопрос был уже передан на суждение соборов. Когда же в 1653 году собор покончил с этим вопросом, новые дела уже соборам не передавались. Временщик и иерарх в одно и то же время, Никон не только пас Церковь, но ведал и все государство. При его то власти пришел конец земским соборам».

Митрополит Макарий говорит о гордости и властолюбии Никона в период его патриаршества. «Никон при всем уме не умел поставить себя на такой высоте, как следовало бы по отношению к своему царственному другу, не умел сдерживать своей необузданной гордости и властолюбия и с упорством оставался верен тому началу, которое высказал еще при избрании его на патриаршую кафедру, т. е. чтобы сам царь слушал его во всем, как Патриарха. В своей дружбе с царем Никон желал быть лицом господствующим и позволял себе такие вещи, которые не могли не оскорблять Государя и, повторяясь нередко, неизбежно должны были вести к столкновению и размолвкам, взаимному охлаждению друзей и наконец привести к разрыву».

Даже такой пристрастный защитник Никона, как проф. Зызыкин, и тот в своем исследовании «Патриарх Никон» пишет: «Конечно, Никон восстанавливал против себя своей бескомпромиссностью, прямолинейностью, суровостью». А Ключевский характеризует Никона так:

«Из русских людей XVII века я не знаю человека крупнее, своеобразнее Никона. Но его не поймешь сразу: это — довольно сложный характер и, прежде всего, характер очень неровный. В спокойное время, в ежедневном обиходе, он был тяжел, капризен, вспыльчив и властолюбив, больше всего самолюбив». Все, кто объективно подойдут к той отрицательной роли, которую, не желая, сыграл Никон в истории раскола русской православной Церкви, не могут не согласиться с следующим заключением Ю. Самарина:

«Вообще в этой многосложной и великой тяжбе Царя с Патриархом, правда и неправда, действительные вины Никона и клеветы на него возведенные, важное и ничтожное так перемешано и сбито, что, вероятно, уже оно не предстанет никогда во всей ясности и строгости. Может быть, к свержению Никона не было достаточных причин; может быть, он мог бы получить разрешение от бесстрастных судей; но не менее того, стремление Никона, мысль, которую он преследовал, но не успел осуществить, и которой современники и обвинители его не могли узреть ясно и очистить от мелких обстоятельств, эту мысль нельзя не осудить, как противную духу Православной Церкви. Никон хотел для Церкви независимости от государства в самом государстве, для Патриарха власти неограниченной, самодержавной, вообще замысел его клонился к тому, чтобы основать в России частный национальный папизм».

Поведение Никона после Отказа от Патриаршества, после того, как Царь не удовлетворил одного его требования, напоминает поведение не Патриарха, а строптивой женщины. То он отказывается от Патриаршества, хотя его к этому никто не вынуждал и благословляет на выборы нового Патриарха, потом просит прощения у Царя за свой образ действий, потом уходит в Воскресенский монастырь и до Царя снова доходят слухи, что Никон не хочет «быть в патриархах», то он является в Успенский Собор «сшел я с престола никем не гоним, теперь пришел на престол никем незванный».

Царь долго терпел все это странное поведение Патриарха (с июля 1658 г.