Далее, говоря о Церкви и о церковных истинах, аббат Вакандар рассуждает следующим образом: «Если для защиты этих истин она использует в одном веке средства, осуждаемые последующим веком, то это всего лишь доказывает то, что она следует обычаям и идеям, господствующим в окружающем ее мире. Но Церковь строго следит за тем, чтобы люди не сочли ее действия непогрешимыми и вечными правилами абсолютной справедливости. Она с готовностью признает, что иногда может и ошибаться в выборе практических средств. Система защиты и обеспечения, использованная ею в Средние века, оказалась, по крайней мере, в некоторой степени успешной. Мы не можем утверждать, что она была абсолютно несправедливой и абсолютно аморальной».

Шарль Пишон, автор объемной книги о Ватикане, также призывает оценивать инквизицию «исторически, без страстей и предубеждений». Он пишет: «Святая канцелярия, прежде всего, была реакцией, часто грубой, как обычаи того времени, часто произвольной, как трибуналы всех времен, реакцией общества, которое защищается».

Именно с этих позиций рассматривает деятельность инквизиции и профессор Московской духовной академии протодьякон Андрей Кураев. Вот его соображения: «Согласно настойчиво повторяющейся, хотя и непроверенной легенде, инквизиционные трибуналы Средиземноморского региона были фанатичными и кровожадными, а испанская инквизиция являлась самой жестокой из всех. Само слово „инквизиция“ давно стало синонимом нетерпимости. Однако, когда историки, наконец, стали систематически изучать огромный массив протоколов инквизиций, были получены совершенно иные результаты и постепенно начало вырабатываться новое представление о них. Сейчас, пожалуй, уже можно говорить о всеобщем признании двух принципиальных выводов, хотя исследования еще не завершены. Во-первых, средиземноморские инквизиции были менее кровожадными, нежели европейские светские суды… Второй важный вывод состоит в том, что средиземноморские инквизиции, в отличие от светских судов, выглядели более заинтересованными в понимании мотивов, двигавших обвиняемыми, нежели в установлении самого факта преступления. Ранее представлялось, что инквизиторы, тщательно соблюдавшие анонимность своих информаторов, в меньшей степени заботились о правах обвиняемых, чем светские суды. Но последние исследования показывают, что инквизиторы были более проницательными психологами, нежели светские судьи, и оказывались вполне способными прийти к корректному — а зачастую и снисходительному — приговору. В целом они, в отличие от светских судей, почти не полагались на пытку, чтобы убедиться в истинности утверждений обвиняемых. Инквизиторы пытались проникнуть в сознание людей, а не определить правовую ответственность за преступление, поэтому протоколы инквизиторских допросов выглядят совсем иначе, чем протоколы светских трибуналов, и предоставляют историкам богатый материал об обычаях и народных верованиях… В отличие от светского судопроизводства того времени суды инквизиции работали очень медленно и кропотливо. Если одни особенности их деятельности — такие как анонимность обвинителей — защищали информаторов, многие другие обычаи работали на благо обвиняемых. Поскольку инквизиторы в меньшей степени заботились о том, чтобы установить факт совершения преступления — ереси, богохульства, магии и так далее, — но, скорее, стремились понять намерения людей, сказавших или сделавших подобное, они, главным образом, различали раскаявшихся и нераскаявшихся грешников, согрешивших случайно или намеренно, мошенников и дураков. В отличие от многих светских уголовных судов… инквизиторы мало полагались на пытку как на средство установления истины в сложных и неясных обстоятельствах. Они предпочитали подвергнуть подозреваемого многократному перекрестному допросу, проявляя подчас удивительную психологическую тонкость, чтобы разобраться не только в его словах и действиях, но и в его мотивах».