Этот же автор утверждает, что «инквизиция функционировала как учреждение, скорее защищающее от преследований, нежели разжигающее их», что «церковные кары для чародеев были мягче того, что могла бы сделать с ними толпа».

У аббата Вакандара нашелся целый ряд близких к Церкви последователей, которые продолжили излагать историю инквизиции, пытаясь понять и оправдать ее действия. В частности, епископ города Бовэ Селестен Дуэ в своей книге об инквизиции, изданной в 1906 году, пишет: «Трибуналы инквизиции способствовали сохранению цивилизации эпохи, ибо они укрепляли порядок и препятствовали распространению острого зла, защищали интересы века и действенно охраняли христианскую идеологию и социальную справедливость».

Кроме того, он утверждает, что создание инквизиционных трибуналов было в интересах еретиков, так как спасало их от погромов, массовых расправ и бесконтрольных преследований со стороны светских властей, заинтересованных в присвоении их собственности. Инквизиция, согласно Селестену Дуэ, обеспечивала «справедливый» суд.

Примерно эту же мысль высказывает и Гилберт Честертон, автор книги «Ортодоксия», заявляющий, что «во времена Торквемады, по крайней мере, была система, которая отчасти примиряла правосудие и милосердие».

Андрей Кураев констатирует: «Инквизиция хотя бы предоставляла слово самому обвиняемому, а от обвинителя требовала ясных доказательств… В итоге — ни один другой суд в истории не выносил так много оправдательных приговоров».

Генри Кеймен в своей книге «Испанская инквизиция», изданной в 1997 году, отмечает, что архивы инквизиции содержат 49 092 досье, но только 1,9 процента из них определяют вину обвиняемого и передают дело светским властям для исполнения смертного приговора. Остальные 98,1 процента были либо оправданны, либо получили легкое наказание (штраф, покаяние, паломничество).

Конечно, есть и совершенно противоположные мнения. Например, принято утверждать, что инквизиция вообще никогда не оправдывала свои жертвы, и в лучшем случае приговор гласил, что «обвинение не доказано». Якобы даже оправдательный приговор не мог служить помехой для нового процесса против той же жертвы.

Монах-францисканец Бернар Делисье, конфликтовавший с инквизицией и требовавший ее отмены, как-то даже в присутствии французского короля Филиппа Красивого заявил, что инквизиция могла обвинить в ереси самих святых Петра и Павла и они были бы не в состоянии защитить себя. Им не представили бы никаких конкретных обвинений, не ознакомили бы с именами свидетелей и их показаниями. «Каким же образом, — вопрошал Бернар Делисье, — могли бы святые апостолы защищать себя, особенно при том условии, что всякого, явившегося к ним на помощь, сейчас же обвинили бы в сочувствии ереси?»

Приводящий эту цитату Генри Чарлз Ли в своей «Истории инквизиции в Средние века» добавляет от себя: «Все это, безусловно, верно. Жертва была связана путами, вырваться из которых ей было невозможно, и всякая попытка освободиться от них еще только туже затягивала узлы».

На позициях яростного защитника инквизиции стоял известный испанский историк Марселино Менендес-и-Пелайо, умерший в Сантандере в 1912 году. Его взгляды по этому вопросу изложены в трехтомной книге «История испанских еретиков», опубликованной в 1880–1882 годах. Хотя это сочинение было написано автором, не достигшим и 25-летнего возраста, оно основано на огромном количестве первоисточников и считается в своем роде классическим. Подробно рассматривая различного рода ереси, существовавшие в Испании, Марселино Менендес-и-Пелайо не только оправдывает преследование еретиков, но даже прославляет действия инквизиции.