„Этот человек не будет взимать слишком много штрафов, — думал Фердинанд, глядя на него, — но те, которые взыщет, растащить не позволит. Это самый неподкупный человек из тех, которых я когда-либо видел“.

Тем временем Изабелла сообщила своему старому учителю, что хотела бы предложить ему только что учрежденный пост генерального инквизитора Кастилии.

— Боюсь, что люди не будут вас любить, — честно призналась она, — потому что мы, король и я, из-за быстрого роста преступлений, произошедшего во время войны, добавим к вашей юрисдикции и ряд чисто гражданских дел. Вероятно, некоторые нарушители закона, которые без жалоб приняли бы наказание из рук обычных судей, будут протестовать против того, что подобные дела станут рассматриваться церковным судом. Но, так или иначе, преступности должен быть нанесен решительный удар.

— Да, судьи никогда не бывают любимы, брат Томас, — добавил Фердинанд.

— Мне совершенно безразлично, что весь мир будет думать обо мне, — отозвался Торквемада, — до тех пор, пока я выполняю свои обязанности».

Французский философ Жак Маритен в своей книге «Церковь Христа» пишет: «Святой престол сам назначил первого генерального инквизитора в Испании. Это был Торквемада, за которого попросили Изабелла и Фердинанд».

Историк Жан Севиллья уточняет: «Великий инквизитор был назначен с утверждением Святым престолом, но выбрал его глава государства. Испанская инквизиция — это механизм государства. Хотя они и были священниками, ее руководители были государственными служащими, назначавшимися королем и оплачивавшимися из королевской казны».

Можно сказать, это было назначение «по представлению».

А еще через два месяца, 14 октября 1483 года, власть Торквемады распространилась и на Арагон, королевство супруга Изабеллы Кастильской.

С этого момента он стал титуловать себя так: «Мы, брат Томас де Торквемада, монах ордена братьев-проповедников, приор монастыря Санта-Крус в Сеговии, духовник короля и королевы, наших государей, и генеральный инквизитор во всех их королевствах и владениях против еретической испорченности, назначенный и уполномоченный Святым апостолическим престолом».

Таким образом, с осени 1483 года Томас де Торквемада возглавил новую инквизицию объединенного королевства. Все инквизиционные трибуналы королевства Изабеллы и Фердинанда были теперь, по сути, сосредоточены в юрисдикции одной администрации с Торквемадой во главе. Таким образом, в последующие полтора десятка лет Торквемада, имя которого, по словам Хуана Антонио Льоренте, «до тех пор было известно не иначе как в числе многих других имен», обладал властью и влиянием, которые могли поспорить с властью и влиянием самих монархов.

Считается, что именно с этого момента деятельность инквизиции приобрела необычайно жесткий характер, особенно в преследовании марранов, то есть евреев, принявших христианство, а также их потомков. Все попытки «новых христиан» щедрыми дарами смягчить отношение к себе успеха не имели.

При этом фанатичная преданность своей новой роли вынудила Торквемаду отказаться от предложенной должности епископа в Севилье, и до конца своей жизни он так и не сменил своего аскетичного доминиканского облачения на пышные одеяния прелатов того времени. Кроме того, он остался строгим вегетарианцем.

Историк Жан Севиллья пишет о Торквемаде: «Это был человек веры, неподкупный, незаинтересованный.