Марселей Дефурно по этому поводу уточняет: «Верховный совет инквизиции, во главе которого находился генеральный инквизитор… был органом монархического правительства, как и все остальные советы (кастильский, финансовый, колониальный), которые окружали правителя. Но из-за своей духовной функции он обладал особой независимостью». «Фердинанд создал королевский совет инквизиции с ужасным Торквемадой во главе, — читаем у Манюэля де Малиани, — чтобы объединить в руках этого монстра власть гражданскую и власть церковную».

Оставим оценки «ужасный» и «монстр» на совести этого автора, в остальном же он прав. Совет объединил в одних руках власть гражданскую и власть церковную. В его задачу входило и решение вопросов, связанных с конфискацией имущества еретиков. Этим было завершено создание Верховного трибунала святой инквизиции (по-испански Supremo Tribunal de la Santa Inquisition, сокращенно — Cyпрема), деятельность которого продолжалась три с половиной столетия.

Важно отметить, что папская инквизиция существенно отличалась от инквизиции Пиренейского полуострова (вспомним слова Жана Севиллья о том, что нет одной инквизиции, но есть три инквизиции: средневековая инквизиция, испанская инквизиция и римская инквизиция). Первая не была подконтрольна какому-либо светскому монарху, а была подотчетна только Церкви, вторая была подконтрольна Изабелле и Фердинанду. При этом Томас де Торквемада получил практически неограниченные полномочия в деле искоренения «еретической испорченности», то есть сознательного антикатолического отклонения от догматов веры.

М. В. Барро в своем очерке о Торквемаде констатирует: «Из рук папы он передал этот трибунал в руки короля и сделал судилище не столько помощником торжества веры, сколько орудием абсолютизма».

И. Р. Григулевич в своей книге «Инквизиция» развивает эту мысль: «Королевская власть в Испании, открыв в инквизиции надежное орудие подавления и устрашения своих противников, уже не расставалась с ней вплоть до середины XIX века».

Лучшую кандидатуру на эту должность, которая в равной степени устраивала бы и Ватикан, и светский престол, сложно было подобрать. Торквемада в полной мере оправдал надежды папы, стремившегося любыми методами укрепить на Пиренейском полуострове влияние Римско-католической церкви, и удовлетворил ненасытные аппетиты короля Фердинанда путем конфискации имущества наиболее зажиточных феодалов и купцов в пользу государственной казны. Принято считать, что для этого генеральный инквизитор превратил Супрему «в изощренную машину террора — в то, к чему инквизиция и стремилась со дня своего образования».

К этому последнему тезису мы еще вернемся, а пока же отметим, что, получив практически неограниченные полномочия, распространявшиеся на все сферы светской и религиозной жизни испанского общества, Томас де Торквемада в первую очередь приступил к реорганизации верховного трибунала. Он поручил своим двум помощникам составить подборку основных законов для управления обновленным трибуналом, которая учитывала бы «слабые места» прошлой инквизиции.

Артюр Арну в своей «Истории инквизиции» пишет: «Новая инквизиция, утвержденная Торквемадой, превзошла все, что было до сих пор».

Естественно, назначение Торквемады в областях, в которых инквизиция была известна с XIII века, но к концу XV века, в связи с развитием городов и ростом самоуправления, пришла в упадок, встретило сопротивление со стороны местных кортесов. Только под большим давлением Короны они согласились распространить полномочия Торквемады на свои территории, население которых весьма враждебно встретило его представителей и не скрывало своих симпатий к жертвам Супремы.

Начал Торквемада с того, что создал четыре подчиненных трибунала — для Севильи, Кордовы, Хаэна и Вилья-Реаля, называемого в настоящее время Сьюдад-Реаль.