По словам Хуана Антонио Льоренте, «все это нисколько не импонировало Торквемаде».

По приказу генерального инквизитора были произведены дознания, из которых можно было заключить, что Диего Ариас де Авила умер в ереси иудаизма. Цель Торквемады состояла в осуждении его памяти, в конфискации имущества, в извлечении из могилы останков и в сожжении их вместе с его изображением.

Так как в подобных делах вызываются на суд дети покойного, дон Хуан Ариас де Авила был обязан явиться для защиты своего отца и себя. В 1490 году он отправился в Рим, несмотря на свой преклонный возраст, после тридцатилетнего служения на епископской кафедре Сеговии. Он был очень хорошо принят папой Александром VI, который в 1494 году даже избрал его для сопровождения своего племянника, кардинала Монреальского, в Неаполь, куда тот отправлялся для коронации короля Фердинанда II. Дон Хуан Ариас де Авила вернулся в Рим и умер там 28 октября 1497 года, оправдав память своего отца и не дав возможности Торквемаде произвести покушение на его собственную свободу.

Дон Педро де Аранда, епископ Калахорры, не был так счастлив. Он приходился сыном Гонсало Алонсо, еврею, крестившемуся во времена все того же знаменитого Висенте Феррера. Гонсало Алонсо имел удовольствие видеть назначение епископами двоих своих сыновей. Его второй сын стал епископом Бургоса, потом архиепископом Монреаля на Сицилии, а Педро де Аранда был назначен епископом Калахорры в 1478 году.

И все-таки в 1488 году он явился предметом тайного следствия, руководимого Торквемадой, целью которого было доказать, что Гонсало Алонсо умер иудействующим еретиком.

Хуан Антонио Льоренте по этому поводу пишет: «Достаточно было, чтобы какой-либо обращенный еврей умер богатым и счастливым — тотчас пытались породить сомнения в его правоверности. Зложелательство по отношению к потомкам евреев было так же велико, как и стремление их преследовать и обогащать государственную казну их достоянием».

Леонар Галлуа в «Краткой истории инквизиции в Испании» развивает эту мысль: «Достаточно было, чтобы какой-то обращенный еврей оставил после себя богатство, как тут же инквизиция начинала использовать все возможные средства, чтобы доказать, что он был иудеем-еретиком, чтобы опозорить его память, конфисковать его имущество, эксгумировать его останки, чтобы придать их костру, а также лишить его детей всех отличий. Такова была цель Торквемады в отношении этих двух прелатов».

Дело Гонсало Алонсо вели инквизиторы Вальядолида и епархиальный епископ (им был тогда епископ Паленсии). Но дон Педро де Аранда побывал в Риме и получил от папы Александра VI бреве от 13 августа 1493 года, которым это дело передавалось в руки дона Иньиго Манрике де Лара, епископа Кордовы, и Хуана де Сан-Хуана, приора бенедиктинского монастыря в Вальядолиде. Они должны были произнести приговор по делу Гонсало Алонсо и велеть исполнить его, причем инквизиторы и епархиальный епископ не имели права этому противодействовать или апеллировать против вынесенного приговора. Последствия этого решения были благоприятны для Гонсало Алонсо.

Его сын, дон Педро де Аранда, достиг такой степени уважения со стороны папы, что был назначен главным мажордомом папского дворца. А в 1494 году папа отправил его в Венецию в качестве посла. Но даже эта исключительная милость не остановила пыла инквизиции, которая продолжала начатый против него процесс.

Дон Педро де Аранда представил сто одного свидетеля, но так неудачно, что каждый имел что-либо показать против него в том или другом пункте. Судьи сделали доклад папе 14 сентября 1498 года, за два дня до смерти Торквемады, и верховный первосвященник присудил епископа к лишению должности и бенефиций, к снятию епископского сана и к возвращению в состояние мирянина. Он был заключен в замок Сант-Анджело и умер там некоторое время спустя.

Леонар Галлуа в своей «Краткой истории инквизиции в Испании» констатирует: «Почти всегда интриги обеспечивали инквизиторам успех в их начинаниях; кроме того, они не боялись предпринимать несправедливые действия каждый раз, когда это было выгодно их деспотизму».