Типография в России не могла быть основана без крупных правительственных субсидий. Правитель Алексей Адашев проводил реформы под флагом ортодоксальной веры. Он был предан постам и молитвам и оставался равнодушным к достижениям европейской цивилизации. Лишь после его отставки казна наконец выделила субсидии на типографию. Первопечатник Иван Федоров писал с полной определенностью, что его типография была учреждена вследствие покровительства и щедрости царя, тогда как гонителями печатников выступили «многие начальники и священноначальники», подозревавшие книжных мастеров во «многих ересях». Духовенство решительно воспротивилось тому, чтобы принять из рук еретиков изобретение европейской цивилизации. Однако защитники книгопечатания нашли способ обойти затруднение, прибегнув к посредничеству единоверцев-греков в Константинополе. Итальянский купец Барберини своими глазами наблюдал за работой Федорова на Печатном дворе в 1564 г. и принял от него заказ на бумагу и краску. Барберини записал, что русские привезли печатный станок из Константинополя. Свидетельство самого Ивана Федорова подтверждает слова Барберини. При заведении типографии в Москве, утверждал первопечатник, царь был одержим мыслью, «како бы изложити печатные книги, яко же в Грекех и в Венецыи и во Фригии и в прочих языцех». Московские печатники должны были следовать образцу православных греческих и итальянских мастеров, прежде всего мастеров Венеции. Слова Федорова находят себе объяснение. Давно замечено, что русские печатники употребляли термины (штанба — типография и пр.) итальянского происхождения. По-видимому, Москва закупила у греков оборудование итальянского производства. Поскольку греки выступили посредниками, учреждение типографии приобрело характер сугубо ортодоксального начинания.

Иван IV распорядился отвести место в центре столицы и на нем построить Печатный двор, выделил щедрое жалование печатникам. Первым известным по имени московским печатником был Нефедьев. Но он так и не смог реализовать своих знаний и навыков. В качестве главного мастера на Печатный двор был приглашен кремлевский дьякон Иван Федоров. Его помощником стал Петр Мстиславец. Федоров, очевидно, прошел хорошую школу у приглашенных в Москву иностранных мастеров. Ко времени вступления в должность он был уже зрелым мастером. 19 апреля 1563 г. первопечатники приступили к печатанию Апостола, а 1 марта 1564 г. завершили дело. По своим полиграфическим качествам Апостол значительно превосходил ранее изданные московские книги. Федоров принадлежал к числу наиболее образованных русских людей своего времени и ставил целью издать исправленный текст Апостола, для чего надо было привлечь различные рукописные списки, устранить ошибки, уточнить перевод. Исправление древнерусского канонического текста по греческим оригиналам вызывало яростные споры в Москве со времен суда над Максимом Греком. Иван Федоров продолжил традицию Максима, что вызвало подозрения ревнителей старины. После смерти Макария ортодоксы из числа бояр и иерархов стали, по признанию печатников, притеснять их. Тем временем Иван IV учредил опричнину и наложил контрибуцию на земщину. Земская казна опустела, и Печатный двор надолго лишился субсидий. Иван Федоров уехал за рубеж, где продолжал печатать книги. Свой отъезд первопечатник оценил как изгнание. Вину за изгнание он всецело возлагал на бояр и официальное руководство церкви. Что касается царя Ивана IV, он проявлял неустанный интерес к западным новшествам в разных областях культуры и военной техники. После отпуска Федорова в Литву московская типография продолжала свою деятельность. В 1568 г. мастера Невежа Тимофеев и Никифор Тарасиев издали Псалтырь. Тимофеев использовал те же шрифты, что и Федоров, но он отказался от принципов исправления текста, которым следовал его предшественник. После опричнины Иван IV распорядился перевести типографию из Москвы в свою бывшую опричную резиденцию Александровскую слободу.