Разъяснения за рубежом были сделаны в то время, когда в самой России имя самозванца находилось под запретом. Все толки о чудесно спасшемся царевиче беспощадно пресекались. Но когда Лжедмитрий вторгся в страну, молчать стало невозможно. Враг оказался значительно опаснее, чем думали в Москве, и, хотя он терпел поражение в открытом бою, никакая сила не могла изгнать его за пределы государства.

Попытки представить Отрепьева юным негодяем, которого пьянство и воровство довели до монастыря, больше никого не могли убедить. Измышления дипломатов рушились сами собой. Тогда-то за обличение еретика взялась церковь. Патриарх объявил народу, что Отрепьев жил у «Романовых во дворе и заворовался, от смертные казни постригся в чернцы и был по многим монастырям», служил на патриаршем дворе, а потом сбежал в Литву. Чтобы уяснить себе, как современники восприняли откровения патриарха, надо знать, что в старину воровством называли чаще всего неповиновение властям, измену и прочие политические преступления. Дипломатические документы называли в качестве причин пострижения Гришки пьянство и воровство. Из патриаршей же грамоты следовало, что он постригся из-за преступлений, совершенных на службе у Романовых.

После гибели Годуновых и смерти Лжедмитрия I царь Василий Шуйский, вождь заговора против самозванца, нарядил новое следствие по делу Отрепьева. Он огласил историю Гришки с большими подробностями, чем Борис. В частности, Шуйский сообщил полякам, что Юшка Отрепьев «был в холопех у бояр Микитиных, детей Романовича, и у князя Бориса Черкаскова и, заворовався, постригся в чернцы».

Дело об «измене» Романовых и Черкасских было самым крупным политическим процессом времен Годунова. Розыск начался по доносу дворянина Бартенева, служившего казначеем у Александра Романова. Бартенев донес, что Романовы хранят у себя в казне волшебные коренья, намереваясь «испортить» (умертвить колдовством) царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают сведения о том, что они стали жертвами «колдовского» процесса. Приставы (стража) говорили Романовым, закованным в железа: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством (волшебством) и кореньем». Из дневника польского посольства следует, что отряд царских стрельцов совершил вооруженное нападение на подворье Романовых 26 октября 1600 г. Братья Романовы были арестованы. Боярская комиссия во главе с Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила коренья. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались дума и высшее духовенство. Суд признал Романовых виновными в покушении на жизнь царя и государственной измене. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис долго колебался, не зная, как поступить с Романовыми. В конце концов Федор Никитич Романов был насильственно пострижен в монахи под именем Филарета, а его братья Александр, Михаил, Василий, Иван и зятья князья Черкасские и Сицкие отправлены в ссылку.

Причиной расправы с Романовыми и Черкасскими явился не столько «боярский заговор», сколько болезнь царя Бориса. Один из современников Бориса заметил, что тот царствовал шесть лет, «не царствуя, а всегда болезнуя». К осени состояние здоровья Годунова резко ухудшилось. В Москве ждали его кончины со дня на день. В столице поднялась тревога. Тогда Борис распорядился отнести себя на носилках из дворца в Успенский собор, чтобы покончить со слухами о своей кончине. Романовы поспешили вызвать в Москву многочисленную вооруженную свиту. Они надеялись на то, что вскоре вновь смогут вступить в борьбу за обладание короной. Малолетний наследник Бориса царевич Федор имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца.