Одержав крупные победы в войне с Ордой, власти получили возможность продолжить реформы. Преобразования увлекли Ивана IV. Но он по-своему понимал их цели и предназначение. Монарх рано усвоил идею божественного происхождения царской власти. В проповедях пастырей и библейских текстах он искал величественные образы древних людей, в которых, «как в зеркале, старался разглядеть самого себя, свою собственную царственную фигуру, уловить в них отражение своего блеска и величия» (В. О. Ключевский). Сложившиеся в его голове идеальные представления о происхождении и неограниченном характере царской власти, однако, плохо увязывались с действительным порядком вещей, при котором монарх должен был управлять государством вместе с Боярской думой.

В своих политических оценках Иван следовал несложным правилам. Только те начинания считались хорошими, которые укрепляли единодержавную власть. Конечные результаты политики реформ не соответствовали этим критериям. В итоге главный инициатор реформ Алексей Адашев, пользовавшийся личной дружбой Грозного, кончил жизнь в тюрьме. Придворный проповедник Сильвестр, который был учителем жизни молодого Ивана IV, попал в один из глухих северных монастырей. «Великие» бояре, помогавшие реформаторам, оказались отстранены от власти.

Первым браком Иван IV был женат на Анастасии Романовой из рода бояр Захарьиных. После ее смерти он женился на Марии Черкасской, дочери кабардинского князя с Северного Кавказа. Подобно деду царь Иван твердо решил закрепить трон за потомством от первого брака. Дети были малолетними, и опекать их царь поручил (по завещанию) Захарьиным, братьям царицы Анастасии Романовой. Влияние Захарьиных чрезвычайно усилилось после того, как они настояли на отставке Сильвестра и Адашева. Переход власти в руки Захарьиных вызвал негодование высшей знати. Раздор думы с царем достиг критического уровня. Глава Боярской думы князь И. Д. Бельский попытался бежать в Литву, но был задержан и брошен в тюрьму. В 1563 г. Иван IV арестовал по подозрению в заговоре своего двоюродного брата князя Владимира Андреевича Старицкого. Отец Владимира Андрей пользовался любовью и доверием своего родного брата Василия III, вследствие чего и был назначен главным опекуном малолетнего Ивана IV. Василий III занял трон, отстранив от власти старшую законную ветвь династии. Этот прецедент не был забыт. Мать Владимира Ефросинья Старицкая лелеяла планы переворота. Ее сторонники желали старшего внука Софьи Палеолог заменить на троне младшим внуком. Кризис власти, вызванный раздором между монархом и Боярской думой, подал Ефросинье надежду на успех. Однако ее интрига раскрылась вследствие доноса. Жестокий и мнительный Иван готов был казнить заговорщиков. Но митрополит Макарий уговорил его не делать этого. Княгиня Ефросинья в 1563 г. была насильственно пострижена и отослана в северный монастырь. Монарх простил брата и даже вернул ему удельное княжество. Следствием миротворчества церкви было то, что царь согласился не придавать огласке обвинения против брата. Официальная летопись лишь глухо упомянула о «великой измене» Владимира. Со временем Иван IV, взявшись за исправление летописи, внес в ее текст сведения о том, что Старицкие были давние изменники и пытались свергнуть законную династию уже в 1553 г., когда государь смертельно заболел, а бояре подняли «мятеж» в думе. Больной самодержец якобы обратился к думе с речью, усмирившей мятежников. Напутствуя Захарьиных, монарх сказал: «А вы, Захарьины, чего испужалися? …вы от бояр первые мертвецы будете! …не дайте боярам сына моего (наследника) извести никоторыми обычаи, побежите с ним в чужую землю, где Бог наставит».