Исторический парадокс состоял в том, что русская монархия, подчинив себе обширные земли и княжества, стала пленницей перебравшейся в Москву аристократии. Русское «самодержавие» конца XV–XVI в. было на деле ограниченной монархией с Боярской думой и боярской аристократией.

Именно суздальская аристократия — потомки местных династий Северо-Восточной Руси — ограничивала власть московского самодержца в наибольшей мере. Задумав ввести свое неограниченное правление, Иван Грозный нанес удар суздальской знати.

Среди потомков Всеволода Большое Гнездо самыми знатными считались князья Суздальские-Шуйские. Ко времени опричнины старшие бояре Шуйские сошли со сцены. В живых остался один князь Александр Горбатый-Суздальский. Он обладал суровым и непреклонным характером и не боялся перечить царю.

При введении опричнины Иван IV объявил главным изменником и государственным преступником князя А. Б. Горбатого-Суздальского. Будучи покорителем Казани и крупнейшим из русских военачальников, Горбатый обладал исключительной популярностью в стране и авторитетом в Боярской думе. «Изменник» Горбатый владел обширными вотчинами в Суздале и, видимо, имел много сторонников среди суздальских дворян. По этой причине царь велел выселить из Суздаля большее их число. Опричники уготовили Горбатому страшную судьбу. Его казнили вместе с пятнадцатилетним сыном. Род князей Горбатых был искоренен раз и навсегда.

Царь Иван подверг преследованиям влиятельных ростовских князей. Боярин князь Андрей Катырев-Ростовский отправился в ссылку в Казанский край. Бывший боярин Семен Ростовский, служивший воеводой в Нижнем Новгороде, был убит.

На Москве стояла зима, когда опричники учинили охоту на опальную знать. Около сотни князей ярославских, ростовских и стародубских были схвачены на воеводстве, в полках либо в сельских усадьбах и под конвоем отправлены в ссылку на казанскую окраину. Через несколько недель облава повторилась. На этот раз царь велел схватить жен и детей опальных, чтобы спешно везти их к мужьям на поселение. Членам семей разрешили взять с собой очень немного, лишь то, что они могли унести в руках. Прочее имущество вместе с усадьбами и вотчинами перешло в собственность казны.

Некогда Иван III отнял земли у новгородских бояр и переселил их в Московскую землю. Иван Грозный следовал примеру деда, но он решил сохранить для службы опальных князей, для чего велел наделить их крохотными поместьями. В мгновение ока высокородные господа превратились в мелких казанских помещиков.

Намеревался ли Иван Грозный целиком уничтожить свою «братию» — суздальских князей и их землевладение? Такое заключение было бы неверным. Накануне опричнины службу при дворе несло более 280 князей из четырех родов суздальской знати. Из них в казанскую ссылку отправилось менее 100 семей.

Суздальская знать, а также князья Оболенские пользовались особой привилегией. Те из них, кто сохранил родовые вотчины на территории некогда принадлежавших им княжеств, проходили службу по особым княжеским спискам, подкреплявшим их право на первоочередное получение думных чинов, высших воеводских постов и пр. Князья, перешедшие на поместья в другие уезды, служили вместе с уездным дворянством. Казанская ссылка, по мнению В. Б. Кобрина, не имела существенного значения: многие из ссыльных князей, в особенности ростовские, почти полностью лишились своих родовых вотчин задолго до опричнины. Факты опровергают такое мнение. Согласно списку Государева двора, 18 князей ростовских служили по княжескому списку, более 30 — по уездным спискам. Опричные судьи отправили в Казань подавляющую часть лиц, записанных в первый список, и лишь немногих людей из уездных помещиков. Таким образом, опричные меры ставили целью отобрать у ростовских князей оставшиеся у них родовые богатства. Преследование ярославских князей имело аналогичную цель. Несмотря на ограниченный характер конфискаций, опричнина существенно подорвала влияние суздальской знати.