Одной из причин антиновгородских мероприятий опричнины было давнее торговое и культурное соперничество между Москвой и Новгородом. Но несравненно более важное значение имело обострение социальных противоречий в Новгородской земле, связанное с экономическим упадком конца 60-х гг. В жизни некогда независимых феодальных «республик» Новгорода и Пскова социальные контрасты проявлялись в особенно резкой форме. Московские выселения конца XV в. вовсе не затронули основной толщи местного посадского населения, «меньших» людей, оставшихся живыми носителями демократических традиций новгородской старины. В этой среде сохранился изрядный запас антимосковских настроений, питаемых и поддерживаемых злоупотреблениями власть имущих. «Сказание о градех», известный памятник новгородского происхождения XV в., сообщает о всевозможных непорядках, самый большой их коих — непослушание и буйство «меньших» людей: бояре в Новгороде «меньшими людми наряжати не могут, а меньшие их не слушают, а люди сквернословы, плохы, а пьют много и лихо, только их бог блюдет за их глупость». Подобные обличения не утратили актуальности и ко времени опричнины. Голод, охвативший Новгородскую землю накануне опричного нашествия, усилил повсюду элементы недовольства. Опричные власти, сознавая опасность положения, обрушили на низы террор.

В дни новгородского разгрома Грозный уведомил митрополита Кирилла об «измене» новгородского архиепископа. Митрополит и епископы поспешили публично осудить жертву опричнины. Они отправили царю сообщение, что приговорили «на соборе новгородцкому архиепископу Пимену против государевы грамоты за его бесчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине головой. Но высшее духовенство переусердствовало, угождая светским властям. В новом послании Кириллу царь предложил не лишать Пимена архиепископского сана «до подлинного сыску и до соборного уложения».

Хотя Иван IV и не ждал противодействия со стороны напуганного духовенства, все же накануне суда он предпринял шаги, которые послужили предостережением для недовольных церковников. Опричники обезглавили рязанского архимандрита и взяли под стражу еще несколько членов священного собора. Всем памятно было, что Пимен председательствовал на соборе, осудившем Филиппа. Теперь он разделил участь своей жертвы. Покорно следуя воле царя, высшие иерархи церкви лишили новгородского архиепископа сана и заточили в небольшом монастыре под Тулой, где он вскоре же умер.

Арестованные в Новгороде «сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с Малютой Скуратовым, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток (!) многие (опальные) про ту измену на новгородского архиепископа Пимена и на его советников и на себя говорили».

Кровавый погром Новгорода усилил раздор между царем и верхами земщины. По возвращении из новгородского похода Грозный имел длительное объяснение с государственным печатником Иваном Висковатым. Выходец из низов, Висковатый сделал блестящую карьеру благодаря редкому уму и выдающимся способностям. С первых лет казанской войны дьяк возглавлял Посольский приказ. Иван IV, как говорили в Москве, любил старого советника, как самого себя. Печатник отважился на объяснение с Грозным после того, как опричники арестовали и после жестоких пыток казнили его родного брата.