Вторая опричнина просуществовала год, после чего самодержец «свел» Симеона из Москвы на великое княжество Тверское. Учреждение удела не привело к массовой резне и погромам. Трагедия обернулась фарсом. Опасаясь остаться без преторианцев, самодержец сохранил реорганизованный «двор» до последних дней жизни.

Массовые конфискации поместий и перемещения помещиков из уезда в уезд при «удельном» правительстве дали дворянам-землевладельцам новые доказательства того, что казна не намерена поступиться своими правами в качестве реального собственника всего фонда государственных поместных земель. Организация поместной системы помогла преодолеть кризис боярского сословия в XV в. Но процесс дробления имений, породивший этот кризис, не прекратился в последующее время. Данные новгородских писцовых книг показывают, сколь быстро дробились и мельчали поместья в 1500— 1540-х годах. Кризис поместной системы был усугублен «великим разорением» 1570— 1580-х годов, вызванным крупными стихийными бедствиями, военным поражением и другими причинами. Разорение не только приостановило рост поместных земель, но и привело к резкому сокращению поместного фонда. Между тем биологический процесс размножения дворянских семей оставался во второй половине XVI в. столь же интенсивным, как и в первой половине. Число мелких поместий в Новгороде, почти удвоившееся в первой половине столетия, должно было удвоиться во второй половине. Но этого не произошло. Массовое разорение измельчавших поместий привело к тому, что к началу 1580-х годов в Новгороде запустело около 43 % всего поместного фонда, а из списков помещиков, известных по писцовым книгам 1540-х годов, исчезло около 220 фамилий (63 %). (Эти данные приведены в «Аграрной истории Северо-Запада России»). Некоторые помещичьи семьи стали жертвами опричных казней и выселении. Но репрессии затронули прежде всего знатных помещиков, численность которых была сравнительно невелика. Многочисленное мелкопоместное дворянство Новгорода пострадало не столько от террора, сколько от экономических бед.

Превращение государственной (поместной) собственности в ведущую форму землевладения изменило систему налогообложения в стране. Казна реализовала право собственника земли через высокие платежи и повинности. Чрезмерный рост податей стал одной из главных причин упадка деревни во второй половине XVI в. Судя по новгородским материалам, крестьяне в последней трети столетия резко сократили свои пашенные наделы, не имея средств для уплаты податей. В старину единицей обложения было одно крестьянское хозяйство (обжа). Теперь в обжу клали 2, 3, 5 и более крестьянских хозяйств. Собрать деньги с карликовых наделов было практически невозможно. Казна повышала поборы, а крестьяне сокращали запашку. В итоге и государство, и подданные несли огромные убытки. После ста лет московского владычества Новгородская земля превратилась в огромный пустырь.

Царь Иван был одним из первых правителей, стремившихся всемерно развивать торговые связи со странами Западной Европы через Белое и Балтийское моря. В ходе Ливонской войны 1558–1583 гг. Россия предприняла попытку завоевать земли Ливонского ордена в Прибалтике. Однако в конфликт были вовлечены Литва и Польша, Швеция и Дания. Польский король Стефан Баторий в ходе трех военных кампаний нанес поражение России. Оставшись без союзников, царь не смог вести одновременную войну с Речью Посполитой, Швецией и степными Ордами.

Поражение в Ливонской войне и изгнание русских из Прибалтики положили начало крушению империи. Лишь на Востоке Россия добилась ряда успехов.

В середине XVI в. сибирский хан Едигер признал себя вассалом царя, завоевавшего Казань. Благодаря этому обстоятельству богатые купцы-солепромышленники Строгановы, не встречая сопротивления со стороны сибирского хана, утвердились в Приуралье, построив там укрепленные городки.