2-я дивизия генерала Луазона, численность которой оставалась на уровне 8,4 тыс. чел., занимала Синтру, Мафру и Торриш-Ведраш.

3-я дивизия генерала Траво, сократившаяся с 6,2 до 5,5 тыс. чел., а также кавалерия генерала Келлерманна стояли севернее Лиссабона. Небольшие французские гарнизоны занимали крепости Альмейда, Абрантиш, Элваш, Пенише и др.

Северные области страны были заняты и контролировались испанскими войсками генерал-лейтенанта Таранко, расположившегося в Опорту. Испанская дивизия генерал-лейтенанта Солано занимала юго-восток Португалии. Гренадерский полк, артиллерия и саперы дивизии генерала Караффа квартировалась в Лиссабоне, остальные его части занимали Кашкаиш, Мафру, Сантарем, Сетубал и некоторые другие населенные пункты. Генерал Келлерманн принял командование над территориями Португалии, находившимися слева от реки Тежу. Генерал Морэн с двумя полками был отправлен в провинцию Алгарви.

Несколько поврежденных португальских кораблей было брошено в порту Лиссабона; Жюно поручил капитану Маженди, присланному морским министром Декре, заняться их ремонтом и приведением в боеспособное состояние.

Кроме того, в Лиссабонской бухте была обнаружена русская эскадра вице-адмирала Дмитрия Сенявина, зашедшая в устье Тежу, спасаясь от шторма, незадолго до вступления в город французов.

Состояние эскадры было печальным: у одного корабля была повреждена бизань-мачта, у другого — руль, паруса почти всех кораблей были изорваны в клочья. Но, как мы еще увидим, спасшись от бури морской, Сенявин и его эскадра попали в еще более жестокую бурю — политическую: со стороны берега они оказались заблокированы армией генерала Жюно, а со стороны моря — сильным британским флотом под командованием вице-адмирала сэра Чарльза Коттона. Сенявин оказался меж двух огней. Англичане, имевшие в своем распоряжении 11 линейных кораблей, могли расстрелять русскую эскадру без особых усилий, если бы Сенявин обнаружил против них хоть какие-либо враждебные намерения. Генерал Жюно тоже мог с еще меньшими усилиями расстрелять русские корабли с суши, если бы Сенявин обнаружил слишком явное желание оставаться в мирных отношениях с блокировавшими Лиссабон англичанами.

Историк Е.Тарле писал: «В этом, казалось, безвыходном положении Сенявин обнаружил столько ума, осторожности, дипломатической тонкости, что вполне сумел добиться успеха, и жестокая альтернатива — либо погубить эскадру, либо погубить себя самого — была обойдена». (24, с. 329) Мы очень скоро увидим, прав ли был знаменитый академик, и удалось ли Сенявину в его стремлении не погубить себя сохранить эскадру?

Жюно — герцог Абрантесский

Армия Жюно, занявшая Лиссабон, быстро успела отдохнуть, перевооружиться и переодеться. Теперь она, по словам А. Тьера, имела «вполне приличный вид». (71, с. 346)

15 декабря Жюно приказал поднять над всеми фортами и крепостями французские флаги, заменив ими висевшие там до этого португальские флаги. Эта акция произвела самое негативное впечатление на местных патриотов, но никто не посмел ничего сказать против. В тот же день Жюно произвел в Лиссабоне парад своих приведенных в порядок войск.

«Португалия стала добычей французской армии. Но теперь, когда французское знамя развевалось над Лиссабоном и Жюно всемогущим властителем расположился в королевском дворце, у Бонапарта возникли сомнения: а зачем выполнять обязательства по договору в Фонтенбло? Зачем делить с кем-то Португалию?». (13, с. 538)

Будучи взбешенным тем фактом, что семейство Браганса и столь нужные корабли ускользнули из его рук, 28 декабря Наполеон «в ярости приказал наложить на Португалию контрибуцию в 100 миллионов франков. Император все еще непоколебимо считал, что «война должна платить за себя», и теперь Франции принадлежало неоспоримое владение Португалией, и мертвящая хватка континентальной системы сковала еще одну крупную часть Европы».