Девственные леса и желание завершить работу быстро не позволяли даже мечтать о двухколейке. По стратегическим соображениям колея была широкой. Масштаб трудностей сложно было преувеличить, препятствия встали фантастические — одного взгляда на Обь, Иртыш, Енисей было достаточно чтобы опустить руки. Половину года почва промерзала почти на два метра. Деревянные шпалы нужно было делать из местных деревьев. Была создана целая армия: 36 тысяч чернорабочих, 4 тыс. каменщиков, 4,3 тыс. плотников, 6 тыс. прокладчиков полотна, 13 тыс. вагонетчиков, 2 тыс. мастеров по переправам, множество технических специалистов. Заключенные с Сахалина оказались плохой подмогой, пока им не стали зачитывать 8 месяцев за год. Судимость более двух лет сокращалась вдвое. Высланным в Сибирь сокращали срока. Свободным строителям стали давать по 42 акра обрабатываемой земли. В результате между 1892 и 1895 годами магистраль продвигалась со скоростью более полутысячи километров в год. Растущая внешняя угроза заставила сделать в 1895 г. невиданный бросок — тысяча километров в год. Страна рвала жилы, это был невиданный подвиг. Горные реки перекрывали, увы, деревянные, а не стальные мосты. Подъемы были крутые, а подпоры деревянные. Пик трудностей был достигнут в Восточной Сибири, в районе озера Байкал — крупнейшего мире резервуара пресной воды. 47 дней требовалось для объезда озера в 1900 г. Чудовищными усилиями построили грандиозный паром, ходивший три раза в сутки. Паром помещал максимально 27 вагонов — 40 вагонов за сутки.

Витте предложил проложить последнюю часть магистрали по китайской территории, экономя полтысячи километров пути до Владивостока. Оппозиция была жесткой с обеих сторон — китайской и русской. Русское правительство рассчитывало на благодарность китайцев за помощь в 1895 г., когда Россия помогла отвергнуть японские посягательства на континентальные владения Китая.

Визит в Москву Ли Хунчана был полностью использован для договоренности с китайским руководством. Китайское правительство позволило построить отрезок великой транссибирской магистрали (КВЖД) через Маньчжурию. Согласно секретному договору с Китаем Россия получила право проведения железной дороги через Монголию и Маньчжурию до Владивостока. «Таким образом, — пишет Витте, — в наши руки передавалась дорого величайшего политического и коммерческого значения… Она должна была служить орудием сближения восточных и европейских наций. Ли Хунчжан повторял, что как друг России он не советует России продвигаться южнее линии, которая должна была соединить Сибирский Великий путь с Владивостоком. Если бы мы пошли на юг, то это могло бы возбудить политические волнения среди китайцев, смотрящими на каждого белого как на недоброжелателя; подобный шаг мог бы иметь самые неожиданные печальные последствия как для России, так и для Китая… Секретность этого договора вытекала из того, что этот договор был в то же время и договором союзно–оборонительным против возможного противника — Японии, дабы не могло повториться то, что имело место, когда Япония разгромила Китай».

Увы, время ослабляло естественную благодарность китайцев. Русский посол в Пекине сообщал в Петербург: «Чувство благодарности, испытывавшееся по отношению к нам китайцами, начинает ослабевать и уступать место неясно выраженному недоверию и подозрительности, порождаемые опасением, что мы выдвинем неприемлемые условия, пропорции и значение которых все еще скрываются от китайцев». Нужно сказать, что страх русских претензий частично компенсировался желанием получить от России суммы, которые Китай обязан был платить Японии. Уже первый вклад в 10 млн. фунтов стерлингов произвел на китайское руководство большое впечатление.

Были противники и в России. Командующий Приамурским округом протестовал категорически: проведенная по китайской территории железная дорога будет помогать китайскому, а не русскому населению.