На этом этапе все ожидали итогов начатых на пике взаимного ожесточения двусторонних российско–японских переговоров. Их главной особенностью стало то, что русская сторона хотела ограничить дискуссии проблемой Кореи, а японская сторона делала акцент на территориальной целостности Китая, на принадлежности Маньчжурии Китаю. На протяжении первой недели октября 1903 г. в Токио поступили известия об отвергнутых Россией японских требованиях относительно гарантий территориальной целостности Китая, и о прибытии пополнений русскому флоту на Дальнем Востоке.

Переговоры фактически зашли в тупик. Чтобы выйти из него, российская сторона 1 декабря 1903 г. предложила, чтобы территория севернее 39 параллели в Корее считалась нейтральной зоной (линия Пхеньян — Вонсан). В ответ японские представители сделали свое предложение: они прекращают обсуждение поведения России в Маньчжурии, если Россия не будет обсуждать поведение Японии в Корее и фактически согласится на преобладание Японии в Корее. Алексеев справедливо охарактеризовал это японское предложение единственный возможный для Токио компромисс — как стремление Токио установить протекторат над Кореей, оставляя руки России свободными в Северном Китае. Именно такую интерпретацию японского контрпредложения мы видим в телеграмме наместника Алексеева царю от 26 декабря 1903 г.

Трудно не дать негативной оценки родственнику Безобразова адмиралу Абазе — секретарю Дальневосточного комитета. От имени императора Абаза нередко слал телеграммы Алексееву. Тон этих телеграмм был неизменно жестким. Полагая, что он имеет дело с личным мнением императора Николая Второго, наместник Алексеев принимал их тон как директивный и отвечал японцам также в жестком тоне, фактически отходя от последних возможностей компромисса. Получалось, что одна сторона поощряла жесткость другой, Петербург стимулировал несговорчивость наместника во Владивостоке и русских дипломатов в Токио. Находясь в этом замкнутом круге, Абаза не считал нужным оповещать о нюансах российско–японских переговоров даже главу русской дипломатии Ламсдорфа. Такое же нарушение инструкций (предполагая, что с ним делится своими личными мыслями сам император Николай) допускал Алексеев. Он тоже не делился с главой внешнеполитического ведомства опытом своих контактов с японцами.

29 декабря 1903 г. адмирал Абаза доложил царю свое мнение: если даже войны с Японией удастся избежать, Россия просто обязана усилить свое военное присутствие на Дальнем Востоке. И сделать это нужно быстро. «Чтобы поддержать мир между народами Дальнего Востока, необходимо присутствие наших войск, даже если эти войска не приступят к конкретным операциям. Существует японская поговорка: «Сильный не вынимает меча из ножен», и эта поговорка кажется пригодна к оценке текущей ситуации».

13 января 1904 г., решив (судя по всему), что дальнейшие переговоры бесполезны, японское императорское правительство обратилось в четвертый — и последний раз — к российскому правительству с предложением пересмотреть свою позицию. Министр иностранных дел Курино потребовал от посла в Петербурге Курино лично и устно обратиться к Ламсдорфу: японское правительство готово с пониманием отнестись к интересам России в Маньчжурии, но Россия должна уважать территориальную целостность Китая и не вмешиваться в договорные отношения Китая с другими державами, включая Японию. В конечном счете императорское правительство Японии предложило России (это очень важно) радикальный раздел зон влияния: Маньчжурия становится русской зоной влияния, но Россия отказывается от попыток ввести в зону своего влияния Корею, подразумевая ее переход полностью в японскую сферу влияния. (Такое «упрощение» ситуации далеко не всеми поддерживалось в Японии.